Trisurf Monte Carlo simulator
blame | history | patch | commit | commitdiff | ignore whitespace
Samo Penic
2019-10-17 aecb11873dde5425c1acdf8791736461f3628b14 
 src/snapshot.c


@@ -1,3 +1,5 @@


/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */


/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */	


#include<stdio.h>


#include<general.h>


#include<snapshot.h>


@@ -7,7 +9,8 @@


#include<inttypes.h>


#include<config.h>


#include <time.h>




#include <string.h>


#include "io.h"


/* a helper function that utilizes ts_string data structure and performs same as sprintf */


ts_uint ts_sprintf(ts_string *str, char *fmt, ...){


   va_list ap;


@@ -22,7 +25,7 @@


ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){




   ts_string *data=(ts_string *)malloc(sizeof(ts_sprintf));


   data->string=(char *)malloc(512000*sizeof(char)); /*TODO: warning, can break if the string is to long */


   data->string=(char *)malloc(5120000*sizeof(char)); /*TODO: warning, can break if the string is to long */


   data->beg=0;


   


   xml_trisurf_header(fh, vesicle);


@@ -30,14 +33,16 @@


   xml_trisurf_tria_neigh(data,vesicle->tlist);


   xml_trisurf_vtx_neigh(data,vesicle->vlist);   


   xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);


#ifdef COMPRESSION


   xml_trisurf_nucleus(data,vesicle);


   xml_trisurf_constvolarea(data,V0,A0);


//#ifdef COMPRESSION


   char *compressed;


   ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg-1, &compressed); //suppress null character at the end with by substracting 1


   fwrite(compressed, sizeof(unsigned char), nbytes, fh);


   free (compressed);


#else


   fprintf(fh,"%s", data->string);


#endif


//#else


//   fprintf(fh,"%s", data->string);


//#endif


   free(data->string);  /* TODO: valgrind is not ok with this! */


   free(data);


   xml_trisurf_footer(fh);


@@ -55,8 +60,8 @@


   fprintf(fh, "<trisurfversion>Trisurf (commit %s), compiled on %s %s</trisurfversion>\n",TS_VERSION, __DATE__,  __TIME__);


   fprintf(fh, "<dumpdate>%s</dumpdate>\n", c_time_string);




   fprintf(fh, "<tape>\n");


	


   fprintf(fh, "<tape>");


      fprintf(fh,"%s",tapetxt);	


   fprintf(fh, "</tape>\n");


   if(vesicle->poly_list!=NULL){


      npoly=vesicle->poly_list->n;


@@ -69,7 +74,7 @@


      npoly=0;


      nfono=0;


   }


   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nfono=\"%u\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);


   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nmono=\"%u\" compressed=\"false\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);


   return TS_SUCCESS;


}




@@ -82,7 +87,7 @@


   ts_uint i;


   ts_sprintf(data,"<tria>");


   for(i=0; i<tlist->n;i++){


      ts_sprintf(data,"%u %u %u",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);


      ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);


   }


   ts_sprintf(data,"</tria>");


   return TS_SUCCESS;


@@ -92,7 +97,7 @@


   ts_uint i;


   ts_sprintf(data,"<trianeigh>\n");


   for(i=0; i<tlist->n;i++){


      ts_sprintf(data,"%u %u %u",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);


      ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);


   }


   ts_sprintf(data,"</trianeigh>\n");


   return TS_SUCCESS;


@@ -122,7 +127,18 @@


   return TS_SUCCESS;


}




ts_bool xml_trisurf_nucleus(ts_string *data, ts_vesicle* vesicle){


   if(vesicle->R_nucleus>0.0 || (vesicle->R_nucleusX>0.0 && vesicle->R_nucleusY>0.0 && vesicle->R_nucleusZ>0.0)){


      ts_sprintf(data,"<nucleus>%.17e %.17e %.17e</nucleus>",vesicle->nucleus_center[0], vesicle->nucleus_center[1], vesicle->nucleus_center[2]);


   }


   return TS_SUCCESS;


}


ts_bool xml_trisurf_constvolarea(ts_string *data, ts_double volume, ts_double area){


   ts_sprintf(data,"<constant_volume>%.17e</constant_volume>",volume);


   ts_sprintf(data,"<constant_area>%.17e</constant_area>",area);




   return TS_SUCCESS;


}






/* UTILITIES */


@@ -130,7 +146,7 @@


/* zlib compression base64 encoded */


/* compressed must not be pre-malloced */


/* taken from https://gist.github.com/arq5x/5315739 */


ts_uint ts_compress_string64(char *data, ts_uint data_len, char **compressed){


ts_uint ts_compress_data(char *data, ts_uint data_len, char **compressed){


   z_stream defstream;


   defstream.zalloc = Z_NULL;


   defstream.zfree = Z_NULL;


@@ -143,12 +159,34 @@


   deflateInit(&defstream, Z_BEST_COMPRESSION);


       deflate(&defstream, Z_FINISH);


       deflateEnd(&defstream);


   /*base64 encode*/


   size_t nbase;


   *compressed=base64_encode((unsigned char *)compr,(size_t)defstream.total_out,&nbase);


   *compressed=compr;


//   *compressed=base64_encode((unsigned char *)compr,(size_t)defstream.total_out,&nbase);


   //fwrite(base64, sizeof(unsigned char), nbase, fh);


//   free(compr);


   return defstream.total_out;


}




ts_uint ts_compress_string64(char *data, ts_uint data_len, char **encoded_compressed){


   size_t nbase;


   char *compr;


   size_t number_of_compressed_bytes=ts_compress_data(data, data_len, &compr);


   *encoded_compressed=base64_encode((unsigned char *)compr,number_of_compressed_bytes,&nbase);


   free(compr);


   return nbase;


}




char *ts_compress_intlist(int *data, ts_uint data_len){


   size_t nbase;


   char *compr;


   size_t number_of_compressed_bytes=ts_compress_data((char *)data, data_len*sizeof(int), &compr);


   char *encoded_compressed=base64_encode((unsigned char *)compr,number_of_compressed_bytes,&nbase);


   free(compr);


   ts_uint header[4]={1, data_len, data_len, nbase};


   char *encoded_header=(char *)base64_encode((unsigned char *)header, 4*sizeof(ts_uint), &nbase);


   encoded_header=realloc(encoded_header, 4*sizeof(ts_uint)+strlen(encoded_compressed));


   encoded_header=strcat(encoded_header,encoded_compressed);


   free(encoded_compressed);


   return encoded_header;


}




ts_uint ts_decompress_string64(char *b64, ts_uint data_len, char **decompressed){


@@ -169,10 +207,7 @@


static int mod_table[] = {0, 2, 1};






char *base64_encode(const unsigned char *data,


                    size_t input_length,


                    size_t *output_length) {




char *base64_encode(const unsigned char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {


   *output_length = 4 * ((input_length + 2) / 3);


   int i,j;


   char *encoded_data = malloc(*output_length);


@@ -180,29 +215,25 @@


   


   for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {




           uint32_t octet_a = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;


           uint32_t octet_b = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;


           uint32_t octet_c = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;


          uint32_t octet_a = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;


        uint32_t octet_b = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;


          uint32_t octet_c = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;


        uint32_t triple = (octet_a << 0x10) + (octet_b << 0x08) + octet_c;




           uint32_t triple = (octet_a << 0x10) + (octet_b << 0x08) + octet_c;




           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 3 * 6) & 0x3F];


           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 2 * 6) & 0x3F];


           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 1 * 6) & 0x3F];


           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 0 * 6) & 0x3F];


          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 3 * 6) & 0x3F];


          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 2 * 6) & 0x3F];


          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 1 * 6) & 0x3F];


          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 0 * 6) & 0x3F];


   }




   for (i = 0; i < mod_table[input_length % 3]; i++)


           encoded_data[*output_length - 1 - i] = '=';


          encoded_data[*output_length - 1 - i] = '=';




   return encoded_data;


}






unsigned char *base64_decode(const char *data,


                             size_t input_length,


                             size_t *output_length) {




unsigned char *base64_decode(const char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {


   int i,j;


   if (decoding_table == NULL) build_decoding_table();




@@ -216,20 +247,19 @@


   if (decoded_data == NULL) return NULL;




   for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {


          uint32_t sextet_a = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];


          uint32_t sextet_b = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];


         uint32_t sextet_c = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];


          uint32_t sextet_d = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];




           uint32_t sextet_a = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];


           uint32_t sextet_b = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];


             uint32_t sextet_c = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];


           uint32_t sextet_d = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];




           uint32_t triple = (sextet_a << 3 * 6)


          uint32_t triple = (sextet_a << 3 * 6)


           + (sextet_b << 2 * 6)


           + (sextet_c << 1 * 6)


           + (sextet_d << 0 * 6);




           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 2 * 8) & 0xFF;


           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;


           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;


          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 2 * 8) & 0xFF;


          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;


          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;


    }


   if(decoding_table !=NULL) free(decoding_table);


    return decoded_data;


@@ -241,7 +271,7 @@


    decoding_table = malloc(256);


   int i;


    for (i = 0; i < 64; i++)


        decoding_table[(unsigned char) encoding_table[i]] = i;


      decoding_table[(unsigned char) encoding_table[i]] = i;


}