Merge branch 'master' of bitbucket.org:samop/trisurf-ng with work done on r...

Samo Penic

2016-05-25 aafd67f2d592799167864698ea07eb8aadcc86a7

 src/snapshot.c

@@ -1,3 +1,5 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */	
#include<stdio.h>
#include<general.h>
#include<snapshot.h>
@@ -55,7 +57,7 @@
   fprintf(fh, "<trisurfversion>Trisurf (commit %s), compiled on %s %s</trisurfversion>\n",TS_VERSION, __DATE__,  __TIME__);
   fprintf(fh, "<dumpdate>%s</dumpdate>\n", c_time_string);

   fprintf(fh, "<tape>\n");
   fprintf(fh, "<tape>");
      fprintf(fh,"%s",tapetxt);   
   fprintf(fh, "</tape>\n");
   if(vesicle->poly_list!=NULL){
@@ -69,7 +71,7 @@
      npoly=0;
      nfono=0;
   }
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nfono=\"%u\" compressed=\"false\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nmono=\"%u\" compressed=\"false\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);
   return TS_SUCCESS;
}

@@ -169,10 +171,7 @@
static int mod_table[] = {0, 2, 1};


char *base64_encode(const unsigned char *data,
                    size_t input_length,
                    size_t *output_length) {

char *base64_encode(const unsigned char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {
   *output_length = 4 * ((input_length + 2) / 3);
   int i,j;
   char *encoded_data = malloc(*output_length);
@@ -180,29 +179,25 @@
   
   for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {

           uint32_t octet_a = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
           uint32_t octet_b = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
           uint32_t octet_c = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
          uint32_t octet_a = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
        uint32_t octet_b = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
          uint32_t octet_c = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
        uint32_t triple = (octet_a << 0x10) + (octet_b << 0x08) + octet_c;

           uint32_t triple = (octet_a << 0x10) + (octet_b << 0x08) + octet_c;

           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 3 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 2 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 1 * 6) & 0x3F];
           encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 0 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 3 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 2 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 1 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 0 * 6) & 0x3F];
   }

   for (i = 0; i < mod_table[input_length % 3]; i++)
           encoded_data[*output_length - 1 - i] = '=';
          encoded_data[*output_length - 1 - i] = '=';

   return encoded_data;
}


unsigned char *base64_decode(const char *data,
                             size_t input_length,
                             size_t *output_length) {

unsigned char *base64_decode(const char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {
   int i,j;
   if (decoding_table == NULL) build_decoding_table();

@@ -216,20 +211,19 @@
   if (decoded_data == NULL) return NULL;

   for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {
          uint32_t sextet_a = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
          uint32_t sextet_b = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
         uint32_t sextet_c = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
          uint32_t sextet_d = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];

           uint32_t sextet_a = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
           uint32_t sextet_b = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
             uint32_t sextet_c = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
           uint32_t sextet_d = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];

           uint32_t triple = (sextet_a << 3 * 6)
          uint32_t triple = (sextet_a << 3 * 6)
           + (sextet_b << 2 * 6)
           + (sextet_c << 1 * 6)
           + (sextet_d << 0 * 6);

           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 2 * 8) & 0xFF;
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 2 * 8) & 0xFF;
          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
    }
   if(decoding_table !=NULL) free(decoding_table);
    return decoded_data;
@@ -241,7 +235,7 @@
    decoding_table = malloc(256);
   int i;
    for (i = 0; i < 64; i++)
        decoding_table[(unsigned char) encoding_table[i]] = i;
      decoding_table[(unsigned char) encoding_table[i]] = i;
}