Merge branch 'master' of bitbucket.org:samop/trisurf-ng with work done on r...

Samo Penic

2016-05-25 aafd67f2d592799167864698ea07eb8aadcc86a7

 src/general.h

@@ -1,8 +1,10 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _GENERAL_H
#define _GENERAL_H

#include<stdarg.h>
#include<stdio.h>
#include<gsl/gsl_complex.h>
/* @brief This is a header file, defining general constants and structures.
  * @file header.h
  * @author Samo Penic
@@ -47,6 +49,8 @@
#define TS_FAIL 1

/* CONSTANTS */

#define TS_ID_FILAMENT 1

/* DATA TYPES */
/** @brief Sets the default datatype for ts_double
@@ -166,10 +170,11 @@
       ts_uint idx;
   ts_vertex *vtx1;
   ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
   ts_bool tainted;
       ts_double bond_length;
       ts_double bond_length_dual;
   ts_bool tainted; //TODO: remove
   ts_double energy;
   ts_double x,y,z;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

@@ -212,12 +217,14 @@
    ts_double dcell;
    ts_double shift;
    ts_double max_occupancy;
   ts_double dmin_interspecies;
} ts_cell_list;


typedef struct {
    ts_uint l;
    ts_double **ulm;
    gsl_complex **ulmComplex;
    ts_double **sumUlm2;
    ts_uint N;
    ts_double **co;
@@ -243,6 +250,43 @@



typedef struct {
   long int nshell;
   long int ncxmax;
   long int ncymax;
   long int nczmax;
   long int npoly;
   long int nmono;
   long int nfil;
   long int nfono;
   long int R_nucleus;
   ts_double R_nucleusX;
   ts_double R_nucleusY;
   ts_double R_nucleusZ;
   long int pswitch;
    long int constvolswitch;
    long int constareaswitch;
    ts_double constvolprecision;
       char *multiprocessing;
      long int brezveze0;
       long int brezveze1;
       long int brezveze2;
       ts_double xk0;
   ts_double dmax;
   ts_double dmin_interspecies;
   ts_double stepsize;
   ts_double kspring;
   ts_double xi;
   ts_double pressure;
   long int iterations;
   long int inititer;
   long int mcsweeps;
   long int quiet;
   long int shc;
} ts_tape;




typedef struct {
   ts_vertex_list *vlist;
@@ -256,11 +300,20 @@
      ts_double cm[3];
   ts_double volume;
   ts_spharm *sphHarmonics;

// Polymers outside the vesicle and attached to the vesicle membrane (polymer brush):
   ts_poly_list *poly_list;
// Filaments inside the vesicle (not attached to the vesicel membrane:
   ts_poly_list *filament_list;

   ts_double spring_constant;
   ts_double pressure;
   ts_int pswitch;
    ts_tape *tape;
   ts_double R_nucleus;
   ts_double R_nucleusX;
   ts_double R_nucleusY;
   ts_double R_nucleusZ;
    ts_double area;
} ts_vesicle;


@@ -268,8 +321,10 @@
/* GLOBAL VARIABLES */

int quiet;


ts_double V0;
ts_double A0;
ts_double epsvol;
ts_double epsarea;
/* FUNCTIONS */

/** Non-fatal error function handler:
@@ -290,4 +345,11 @@
#define VTX(n) &(vlist->vtx[n])
#define VTX_DATA(n) vlist->vtx[n].data


/* FOR PID GENERATION ROUTINE */
#define CPF_CLOEXEC 1

int createPidFile(const char *progName, const char *pidFile, int flags);

int lockRegion(int fd, int type, int whence, int start, int len);
#endif