Fix

Samo Penic

2016-03-03 a99f2bb2d3af25b4cc14848647522c1997862652

 src/poly.c

@@ -1,36 +1,214 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include"general.h"
#include"poly.h"
#include<stdlib.h>
#include"vertex.h"
#include"bond.h"
#include<math.h>
#include"energy.h"

ts_bool poly_assign_filament_xi(ts_vesicle *vesicle, ts_tape *tape){
   ts_uint i;

   for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
    vesicle->filament_list->poly[i]->k = tape->xi;
       }
	
   return TS_SUCCESS;
}


ts_bool poly_assign_spring_const(ts_vesicle *vesicle){
   ts_uint i;

   for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
    vesicle->poly_list->poly[i]->k = vesicle->spring_constant;
       }
	
   return TS_SUCCESS;
}

ts_poly   *init_poly(ts_uint n, ts_vertex *grafted_vtx){
   ts_poly   *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
   poly->vlist = init_vertex_list(n);
   poly->blist = init_bond_list();
   poly->grafted_vtx = grafted_vtx;
   grafted_vtx->grafted_poly = poly;
   if (grafted_vtx!=NULL){
      poly->grafted_vtx = grafted_vtx;
      grafted_vtx->grafted_poly = poly;
   }

   ts_uint i;
   for(i=0,i<n-1,i++){
   for(i=0;i<n-1;i++){
      vtx_add_cneighbour(poly->blist, poly->vlist->vtx[i], poly->vlist->vtx[i+1]);
      vtx_add_neighbour(poly->vlist->vtx[i+1], poly->vlist->vtx[i]);
   }

   for(i=0;i<poly->blist->n;i++){
   poly->blist->bond[i]->bond_length=sqrt(vtx_distance_sq(poly->blist->bond[i]->vtx1,poly->blist->bond[i]->vtx2));
   bond_energy(poly->blist->bond[i],poly);
   }

   return poly;
}


ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list vlist){
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist, ts_vesicle *vesicle){
   ts_poly_list *poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));

   if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
	
   ts_uint i=0;
   poly_list->poly   = (ts_poly **)calloc(n_poly,sizeof(ts_poly *));
   ts_uint i=0,j=0; //idx;
   ts_uint gvtxi;
   while(i<n_poly){
      gvtxi = rand() % vlist->n
      if (vlist->vtx[gvtxi]->grafted_poly == NULL){
      poly_list->poly = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
      i++;
   ts_double xnorm,ynorm,znorm,normlength;
   ts_double dphi,dh;

   // Grafting polymers:
   if (vlist!=NULL){
      if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger than numbero f vertices on a vesicle.",310);}
	
      while(i<n_poly){
         gvtxi = rand() % vlist->n;
         if (vlist->vtx[gvtxi]->grafted_poly == NULL){
         poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
         i++;
         }
      }
   }
	
   else
   {
      for(i=0;i<n_poly;i++){
         poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, NULL);
      }
   }

   poly_list->n = n_poly;

   if (vlist!=NULL){
   /* Make straight grafted poylmers normal to membrane (polymer brush). Dist. between poly vertices put to 1*/
      for (i=0;i<poly_list->n;i++){
	
         xnorm=0.0;
         ynorm=0.0;
         znorm=0.0;
         for (j=0;j<poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar_no;j++){
            xnorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->xnorm;
            ynorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->ynorm;
            znorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->znorm;	
         }
         normlength=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
         xnorm=xnorm/normlength;
         ynorm=ynorm/normlength;
         znorm=znorm/normlength;

         for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->x + xnorm*(ts_double)(j+1);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->y + ynorm*(ts_double)(j+1);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->z + znorm*(ts_double)(j+1);
         }
      }
   }
   else
   {
   /* Make filaments inside the vesicle. Helix with radius... Dist. between poly vertices put to 1*/
   ts_double a,R,H,tantheta,h,r,phi,A0=1.2;

      a = A0*(ts_double)vesicle->nshell;
      R = A0*((ts_double)vesicle->nshell)/(2.0*sin(M_PI/5.0));
      H = sqrt(a*a - R*R);
      tantheta = sqrt(R*R - a*a/4.0)/H;
		
      h = -H + sqrt(vesicle->clist->dmin_interspecies)*1.5;
      r = (H-fabs(h))*tantheta - sqrt(vesicle->clist->dmin_interspecies)*1.5;
      dphi = 2.0*asin(1.0/2.0/r)*1.001;
      dh = dphi/2.0/M_PI*1.001;
      phi=0.0;
      for(i=0;i<poly_list->n;i++){
         for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            h = h + dh;
            r = (H-fabs(h))*tantheta - sqrt(vesicle->clist->dmin_interspecies)*1.5;
            dphi = 2.0*asin(1.0/2.0/r)*1.001;
            dh = dphi/2.0/M_PI*1.001;
            phi+=dphi;
            //ji = j + i*poly_list->poly[i]->vlist->n;
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = r*cos(phi);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = r*sin(phi);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = h;// ji*dh - (dh*poly_list->n*poly_list->poly[i]->vlist->n/2.0);
         }
      }
   }

      //index correction for polymeres. Important, since each vtx has to have unique id
/*   idx=vlist->n;
   for(i=0;i<n_poly;i++){
      for(j=0;j<n_mono;j++,idx++){

         poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->idx=idx;

      }
   }
*/

   return poly_list;
}


ts_bool poly_free(ts_poly *poly){

   if (poly->grafted_vtx!=NULL){
      poly->grafted_vtx->grafted_poly=NULL;
   }
   vtx_list_free(poly->vlist);
   bond_list_free(poly->blist);
   free(poly);

   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool poly_list_free(ts_poly_list *poly_list){
   ts_uint i;

   for(i=0;i<poly_list->n;i++){
      poly_free(poly_list->poly[i]);
   }
   free(poly_list->poly);
   free(poly_list);
	
   return TS_SUCCESS;
}


ts_poly *remove_poly_with_index(ts_poly_list *poly_list, ts_uint idx){
   ts_uint i;
   ts_poly *removed_poly=poly_list->poly[idx];

   poly_list->n--; //decrease the total number of polymeres
   for(i=idx;i<poly_list->n;i++){ //move the rest of the polymeres up.
      poly_list->poly[i]=poly_list->poly[i+1];
//      poly_list->poly[idx]->idx=idx;
   }
	
   return removed_poly;
}


ts_bool remove_random_polymeres(ts_poly_list *poly_list, ts_uint number){

   ts_uint i, idx;
   ts_poly *poly;

   ts_poly **new_poly_array;
   if(number>poly_list->n) fatal("The number of polymeres to be removed from the list is greater than the number of total polymeres in the list",999);
   for(i=number;i>0;i--){
      idx=rand() % poly_list->n;
      poly=remove_poly_with_index(poly_list, idx);
      poly_free(poly);
   }
   printf("Addr before %ld\n", (long)poly_list->poly);
   new_poly_array=(ts_poly **)calloc(poly_list->n,sizeof(ts_poly *));
   for(i=0;i<poly_list->n;i++){
      new_poly_array[i]=poly_list->poly[i];
   }
   free(poly_list->poly);
   poly_list->poly=new_poly_array;
   printf("Addr after %ld\n", (long)poly_list->poly);
   return TS_SUCCESS;
}