Kc calculation seems to work. Performance issues persists.

Samo Penic

2014-04-24 9f2ad693eae7abbd0b4f93db9a76caecf79a759a

 src/triangle.c

@@ -4,102 +4,209 @@
#include "triangle.h"
#include<math.h>

ts_bool init_triangle_list(ts_triangle_list *tlist){
/** @brief Prepares the list for triangles.
  * @returns pointer to empty data structure for maintaining triangle list.
  *
  * Create empty list for holding the information on triangles. Triangles are
  * added later on with triangle_add().
  * Returns pointer to the tlist datastructure it has created. This pointer must
  * be assigned to some variable or it will be lost.
  *
  *
  * Example of usage:
  *     ts_triangle_list *tlist;
  *      tlist=triangle_data_free();
  *
  *       Initalized data structure for holding the information on triangles.
  *		
  */
ts_triangle_list *init_triangle_list(){
    ts_triangle_list *tlist=(ts_triangle_list *)malloc(sizeof(ts_triangle_list));
   tlist->n = 0;
   tlist->triangle=NULL;
   return TS_SUCCESS;
   tlist->tria=NULL;
   return tlist;
}

ts_bool clear_triangle_values(ts_triangle *triang,ts_uint idx){
   triang->idx=idx;
   triang->neigh_no=0;
   triang->vertex[0]=NULL;
   triang->vertex[1]=NULL;
   triang->vertex[2]=NULL;
   triang->neigh=NULL;
    triang->xnorm=0;
    triang->ynorm=0;
    triang->znorm=0;
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool triangle_add(ts_triangle_list *tlist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2, ts_vertex *vtx3){
/** @brief Add the triangle to the triangle list and create necessary data
  * structures.
  * @param *tlist is a pointer to triangle list where triangle should be created
  * @param *vtx1, *vtx2, *vtx3 are the three vertices defining the triangle
  * @returns pointer to the newly created triangle on success and NULL if
  * triangle could not be created. It breaks program execution if memory
  * allocation of triangle list can't be done.
  *
  * Add the triangle ts_triangle to the ts_triangle_list.
  * The triangle list is resized, the ts_triangle is allocated and
  * triangle data is zeroed. Returned pointer to newly
  * created triangle doesn't need assigning, since it is
  * referenced by triangle list.
  *
  * WARNING: Function can be accelerated a bit by removing the NULL checks.
  * However the time gained by removal doesn't justify the time spent by
  * debugging stupid NULL pointers.
  *
  * Example of usage:
  *      triangle_add(tlist, vlist->vtx[1], vlist->vtx[2], vlist->vtx[3]);
  *
  *       Creates a triangle with given vertices and puts it into the list.
  *		
  */
ts_triangle *triangle_add(ts_triangle_list *tlist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2, ts_vertex *vtx3){
        if(vtx1==NULL || vtx2==NULL || vtx3==NULL){
            return NULL;
        }
        tlist->n++;
        tlist->triangle=realloc(tlist->triangle,tlist->n*sizeof(ts_triangle));
        if(tlist->triangle==NULL) fatal("Cannot reallocate memory for additional ts_triangle.",5);
   clear_triangle_values(&tlist->triangle[tlist->n-1],tlist->n-1);
        tlist->tria=(ts_triangle **)realloc(tlist->tria,tlist->n*sizeof(ts_triangle *));
        if(tlist->tria==NULL) fatal("Cannot reallocate memory for additional ts_triangle.",5);

        tlist->tria[tlist->n-1]=(ts_triangle *)calloc(1,sizeof(ts_triangle));
        if(tlist->tria[tlist->n-1]==NULL) fatal("Cannot reallocate memory for additional ts_triangle.",5);

        //NOW insert vertices!
        tlist->triangle[tlist->n - 1].idx=tlist->n;
        tlist->triangle[tlist->n - 1].vertex[0]=vtx1;
        tlist->triangle[tlist->n - 1].vertex[1]=vtx2;
        tlist->triangle[tlist->n - 1].vertex[2]=vtx3;
        return TS_SUCCESS;
        tlist->tria[tlist->n - 1]->idx=tlist->n-1;
        tlist->tria[tlist->n - 1]->vertex[0]=vtx1;
        tlist->tria[tlist->n - 1]->vertex[1]=vtx2;
        tlist->tria[tlist->n - 1]->vertex[2]=vtx3;
        return tlist->tria[tlist->n-1];
}

/** @brief Add the neigbour to triangles.
  * @param *tria is a first triangle.
  * @param *ntria is a second triangle.
  * @returns TS_SUCCES on sucessful adition to the list, TS_FAIL if triangles
  * are NULL and breaks execution FATALY if memory allocation error occurs.
  *
  * Add the neigbour to the list of neighbouring triangles. The
  * neighbouring triangles are those, who share two vertices and corresponding
  * bond. Function resizes
  * the list and adds the pointer to neighbour. It receives two arguments of
  * ts_triangle type. It then adds second triangle to the list of first
  * triangle, but not the opposite. Upon
  * success it returns TS_SUCCESS, upon detecting NULL pointers 
  * returns TS_FAIL and it FATALY ends when the data structure
  * cannot be resized.
  *
  *
  * WARNING: Function can be accelerated a bit by removing the NULL checks.
  * However the time gained by removal doesn't justify the time spent by
  * debugging stupid NULL pointers.
  *
  * Example of usage:
  *      triangle_add_neighbour(tlist->tria[3], tlist->tria[4]);
  *
  *       Triangle 4 is a neighbour of triangle 3, but (strangely) not the
  *       oposite. The function should be called again with the changed order of
  *       triangles to make neighbourship mutual.
  *		
  */

ts_bool triangle_add_neighbour(ts_triangle *tria, ts_triangle *ntria){
   // int i;
  //fprintf(stderr,"Sosedi so:\n");
  //  for(i=0;i<tria->neigh_no;i++)
  //      fprintf(stderr,"\t %d\n",tria->neigh[i]);
    

    if(tria==NULL || ntria==NULL) return TS_FAIL;
   tria->neigh_no++;
      //We need to reallocate space! The pointer *neight must be zero if not
      //having neighbours yet (if neigh_no was 0 at thime of calling
      tria->neigh=realloc(tria->neigh,tria->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));
      if(tria->neigh == NULL){
   tria->neigh=realloc(tria->neigh,tria->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));
   if(tria->neigh == NULL)
         fatal("Reallocation of memory failed during insertion of triangle neighbour in triangle_add_neighbour",3);
      }
   tria->neigh[tria->neigh_no-1]=ntria;
   // fprintf(stderr,"dodajamo soseda %d!\n",ntria);

  //fprintf(stderr,"Sosedi so:\n");
  //  for(i=0;i<tria->neigh_no;i++)
  //      fprintf(stderr,"\t %d\n",tria->neigh[i]);
    


   tria->neigh[tria->neigh_no-1]=ntria; 
   return TS_SUCCESS;
}


/** @brief Remove the neigbours from triangle.
  * @param *tria is a first triangle.
  * @param *ntria is neighbouring triangle.
  * @returns TS_SUCCESS on successful removal, TS_FAIL if triangles are not
  * neighbours and it breaks program execution FATALY if memory allocation
  * problem occurs.
  *
  * Removes the neigbour from the list of neighbouring triangles. The
  * neighbouring triangles are those, who share two vertices and corresponding
  * bond. Function resizes
  * the list and deletes the pointer to neighbour. It receives two arguments of
  * ts_triangle type. It then mutually removes triangles from eachouther
  * neighbour list. Upon
  * success it returns TS_SUCCESS, upon failure to find the triangle in the
  * neighbour list returns TS_FAIL. It FATALY breaks program execution when the datastructure
  * cannot be resized due to memory constrain problems.
  *
  * WARNING: The function doesn't check whether the pointer is NULL or invalid. It is the
  * job of programmer to make sure the pointer is valid.
  *
  * WARNING: Function is slow. Do not use it often!
  *
  * Example of usage:
  *      triangle_remove_neighbour(tlist->tria[3], tlist->tria[4]);
  *
  *       Triangles 3 and 4 are not neighbours anymore.
  *		
  */
ts_bool triangle_remove_neighbour(ts_triangle *tria, ts_triangle *ntria){
    ts_uint i,j=0;
/*    fprintf(stderr,"Sosedi so:\n");
    for(i=0;i<tria->neigh_no;i++)
        fprintf(stderr,"%d, ",tria->neigh[i]);
        fprintf(stderr,"\n");
  */  
    
    ts_uint i,j=0; 
    if(tria==NULL || ntria==NULL) return TS_FAIL;

    for(i=0;i<tria->neigh_no;i++){
        if(tria->neigh[i]!=ntria){
            tria->neigh[j]=tria->neigh[i];
            j++;

        } 
      //  else {
      //      fprintf(stderr,"was here once\n");

      //  }
    }

  //  fprintf(stderr,"Sosedi so:\n");
  //  for(i=0;i<tria->neigh_no;i++)
  //      fprintf(stderr,"\t %d\n",tria->neigh[i]);
    
//    fprintf(stderr,"iscemo soseda %d!\n",ntria);
    if(j==i) fatal("In triangle_remove_neighbour: Specified neighbour does not exist for given triangle",3);
         //   fprintf(stderr,"old nuber of neigh=%i\n",tria->neigh_no);
    if(j==i) {
        return TS_FAIL; 
    }
    tria->neigh_no--;
         //   fprintf(stderr,"new nuber of neigh=%i\n",tria->neigh_no);
    tria->neigh=realloc(tria->neigh,tria->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));
    tria->neigh=(ts_triangle **)realloc(tria->neigh,tria->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));
   if(tria->neigh == NULL){
         fatal("Reallocation of memory failed during insertion of vertex neighbour in triangle_remove_neighbour",3);
      }
      fprintf(stderr,"Ooops: tria->neigh_no=%d\n",tria->neigh_no);
      fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in triangle_remove_neighbour",100);
   }
/* we repeat the procedure for neighbour */
   j=0;
    for(i=0;i<ntria->neigh_no;i++){
        if(ntria->neigh[i]!=tria){
            ntria->neigh[j]=ntria->neigh[i];
            j++;
        } 
    }
    if(j==i) {
        return TS_FAIL; 
    }
    ntria->neigh_no--;
    ntria->neigh=(ts_triangle **)realloc(ntria->neigh,ntria->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));
   if(ntria->neigh == NULL){
      fprintf(stderr,"Ooops: ntria->neigh_no=%d\n",ntria->neigh_no);
      fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in triangle_remove_neighbour",100);
   }
    return TS_SUCCESS;
}


/** @brief Calculates normal vector of the triangle, its corresponding area and volume.
  * @param *tria is a triangle pointer for which normal, area and volume is
  * to be calculated.
  * @returns TS_SUCCESS on success. (always)
  *
  * Calculate normal vector of the triangle (xnorm, ynorm and znorm) and stores
  * information. At the same time
  * triangle area is determined, since we already have the normal and volume of
  * triangular pyramid with given triangle as a base and vesicle centroid as a
  * tip. 
  *
  * Function receives one argument of type ts_triangle. It should be corectly
  * initialized. The
  * result is stored in triangle->xnorm, triangle->ynorm, triangle->znorm.
  * Area and volume are stored into triangle->area and triangle->volume.
  * Returns TS_SUCCESS on completion. 
  *
  * NOTE: Function uses math.h library. Function pow implementation is selected
  * accordind to the used TS_DOUBLE_* definition set in general.h, so it should
  * be compatible with any type of floating point precision.
  *
  * Example of usage:
  *      triangle_normal_vector(tlist->tria[3]);
  *
  *       Computes normals and stores information into tlist->tria[3]->xnorm,
  *       tlist->tria[3]->ynorm, tlist->tria[3]->znorm tlist->tria[3]->area and
  *       tlist->tria[3]->volume.
  *		
  */
ts_bool triangle_normal_vector(ts_triangle *tria){
   ts_double x21,x31,y21,y31,z21,z31,xden;
   x21=tria->vertex[1]->x - tria->vertex[0]->x;
@@ -112,7 +219,9 @@
   tria->xnorm=y21*z31 - z21*y31;
   tria->ynorm=z21*x31 - x21*z31;
   tria->znorm=x21*y31 - y21*x31;
   xden=tria->xnorm*tria->xnorm + tria->ynorm*tria->ynorm + tria->znorm*tria->znorm;
   xden=tria->xnorm*tria->xnorm +
         tria->ynorm*tria->ynorm + 
         tria->znorm*tria->znorm;
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
   xden=sqrt(xden);
#endif
@@ -125,21 +234,54 @@
   tria->xnorm=tria->xnorm/xden;
   tria->ynorm=tria->ynorm/xden;
   tria->znorm=tria->znorm/xden;   

/*  Here it is an excellent point to recalculate volume of the triangle and
 *  store it into datastructure. Volume is required at least by constant volume
 *  calculation of vertex move and bondflip and spherical harmonics. */
    tria->volume=(tria->vertex[0]->x+ tria->vertex[1]->x + tria->vertex[2]->x) * tria->xnorm + 
       (tria->vertex[0]->y+ tria->vertex[1]->y + tria->vertex[2]->y) * tria->ynorm + 
    (tria->vertex[0]->z+ tria->vertex[1]->z + tria->vertex[2]->z) * tria->znorm;
    tria->volume=-xden*tria->volume/18.0;
/*  Also, area can be calculated in each triangle */
    tria->area=xden/2;


   return TS_SUCCESS;
}


ts_bool triangle_free(ts_triangle *triang){
    free(triang->neigh);
    return TS_SUCCESS;
}

/** @brief Frees the memory allocated for data structure of triangle list
  * @param *tlist is a pointer to datastructure triangle list to be freed.
  * @returns TS_SUCCESS on success (always).
  *
  * Function frees the memory of ts_triangle_list previously allocated. It
  * accepts one argument, the address of data structure. It destroys all
  * ts_triangle's in the list with underlying data (by calling
  * triangle_data_free()), and the list itself.
  *
  * Should be used eveytime the deletion of triangle list (created by
  * init_triangle_list() and altered by add_triangle() or remove_triangle()) is desired.
  *
  * WARNING: The function doesn't check whether the pointer is NULL or invalid. It is the
  * job of programmer to make sure the pointer is valid.
  *
  * WARNING: Careful when destroying triangle lists. There could be pointers to
  * that information remaining in structures like vertex_data. This pointers
  * will be rendered invalid by this operation and should not be used anymore.
  *
  * Example of usage:
  *      triangle_list_free(tlist);
  *
  *       Clears all the information on triangles.
  *		
  */
ts_bool triangle_list_free(ts_triangle_list *tlist){
    int i;
    ts_uint i;
    for(i=0;i<tlist->n;i++){
        triangle_free(&tlist->triangle[i]);
       if(tlist->tria[i]->neigh!=NULL) free(tlist->tria[i]->neigh);
        free(tlist->tria[i]);
    }
    free(tlist->triangle);  
    free(tlist->tria);
    free(tlist);  
    return TS_SUCCESS;
}