Kc calculation seems to work. Performance issues persists.

Samo Penic

2014-04-24 9f2ad693eae7abbd0b4f93db9a76caecf79a759a

 src/timestep.c

@@ -10,11 +10,12 @@
#include "io.h"
#include "stats.h"
#include "sh.h"
#include "shcomplex.h"
#include "vesicle.h"

ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
   ts_uint i, j,k;
   ts_double r0;
   ts_double r0,kc;
   ts_double l1,l2,l3,volume=0.0,area=0.0,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
   ts_ulong epochtime;
   FILE *fd1;
@@ -23,7 +24,7 @@
   if(fd==NULL){
      fatal("Cannot open statistics.csv file for writing",1);
   }
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3\n");
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc\n");
   centermass(vesicle);
   cell_occupation(vesicle);
   if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
@@ -51,10 +52,11 @@
         r0=getR0(vesicle);
            if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
             preparationSh(vesicle,r0);
             calculateYlmi(vesicle);
             calculateUlm(vesicle);
             storeUlm2(vesicle);
             //calculateYlmi(vesicle);
             calculateUlmComplex(vesicle);
             storeUlmComplex2(vesicle);
             saveAvgUlm2(vesicle);
                kc=calculateKc(vesicle);
            fd1=fopen("state.dat","w");
            fprintf(fd1,"%e %e\n",vesicle->volume, getR0(vesicle));
            for(k=0;k<vesicle->vlist->n;k++){
@@ -69,7 +71,7 @@
            fclose(fd1);
            }

         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3);
         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3,kc);
          fflush(fd);   
      //   sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);
      //   write_pov_file(vesicle,filename);