Many changes to the code to allow internal pegs

Samo Penic

2016-07-13 90882f51387b945bc0f660d8b12200b2f48e80fa

 src/general.h

@@ -257,6 +257,7 @@
   long int nczmax;
   long int npoly;
   long int nmono;
   long int internal_poly;
   long int nfil;
   long int nfono;
   long int R_nucleus;