Added spherical harmonics routine.I've got a feeling that some harmonics ar...

Samo Penic

2011-03-19 88f45143117f3ae973be6e3ea5dac8063a7b8ece

 src/vertex.c

@@ -52,16 +52,19 @@
    ts_uint nn=++vtx->data->neigh_no;
    vtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    vtx->data->neigh[nn-1]=nvtx;

/* This was a bug in creating DIPYRAMID (the neighbours were not in right
 * order).
 */
    /* pa se sosedu dodamo vertex */
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
/*
    for(i=0; i<nvtx->data->neigh_no;i++){
        if(nvtx->data->neigh[i]==vtx) return TS_FAIL;
    } 
    nn=++nvtx->data->neigh_no;
    nvtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    nvtx->data->neigh[nn-1]=vtx;

*/

    return TS_SUCCESS;
}
@@ -108,12 +111,12 @@
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
    if(bond==NULL) return TS_FAIL;
    vtx1->data->bond_no++;
    vtx2->data->bond_no++;
   // vtx2->data->bond_no++;

    vtx1->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->data->bond, vtx1->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
   // vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->data->bond[vtx1->data->bond_no-1]=bond;
    vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
   // vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    return TS_SUCCESS;
}

@@ -141,7 +144,8 @@
    if(data->neigh!=NULL)   free(data->neigh);
    if(data->tristar!=NULL) free(data->tristar);
    if(data->bond!=NULL)    free(data->bond);
    if(data->cell!=NULL)    free(data->cell);
//Cells are freed separately.
 //   if(data->cell!=NULL)    free(data->cell);
    free(data);
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -232,11 +236,21 @@
    cvtx->data->cell=NULL;
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_duplicate(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->data=(ts_vertex_data *)malloc(sizeof(ts_vertex_data));
    memcpy((void *)cvtx->data,(void *)ovtx->data,sizeof(ts_vertex_data));
    return TS_SUCCESS;
}

//TODO: needs to be done
ts_vertex **vtx_neigh_copy(ts_vertex_list *vlist,ts_vertex *ovtx){
        return NULL;
}



ts_vertex_list *vertex_list_copy(ts_vertex_list *ovlist){
    ts_uint i;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list));