Polymeres are restored

Samo Penic

2016-03-01 86b69b3803b1b31c040cede6b47bf617561b3b81

 src/snapshot.c

@@ -5,7 +5,10 @@
#include<stdarg.h>
#include <zlib.h>
#include<inttypes.h>

#include<config.h>
#include <time.h>
#include "io.h"
/* a helper function that utilizes ts_string data structure and performs same as sprintf */
ts_uint ts_sprintf(ts_string *str, char *fmt, ...){
   va_list ap;
   va_start(ap,fmt);
@@ -15,7 +18,7 @@
   return n;
}


/* outputs additional data into paraview xml file */
ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){

   ts_string *data=(ts_string *)malloc(sizeof(ts_sprintf));
@@ -29,26 +32,44 @@
   xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);
#ifdef COMPRESSION
   char *compressed;
   ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg, &compressed);
   ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg-1, &compressed); //suppress null character at the end with by substracting 1
   fwrite(compressed, sizeof(unsigned char), nbytes, fh);
   free (compressed);
#else
   fprintf(fh,"%s", data->string);
#endif
   free(data->string);
   free(data->string);  /* TODO: valgrind is not ok with this! */
   free(data);
   xml_trisurf_footer(fh);
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_header(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){
   fprintf(fh, "<trisurfversion></trisurfversion>\n");
   fprintf(fh, "<trisurfdate></trisurfdate>\n");
   fprintf(fh, "<dumpdate></dumpdate>\n");
/* format current time */
   time_t current_time;
       char *c_time_string;
   current_time = time(NULL);
   c_time_string = ctime(&current_time);
   int npoly, nfono;	

   fprintf(fh, "<trisurfversion>Trisurf (commit %s), compiled on %s %s</trisurfversion>\n",TS_VERSION, __DATE__,  __TIME__);
   fprintf(fh, "<dumpdate>%s</dumpdate>\n", c_time_string);

   fprintf(fh, "<tape>\n");
	
      fprintf(fh,"%s",tapetxt);	
   fprintf(fh, "</tape>\n");
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nfono=\"%u\">\n", vesicle->vlist->n, vesicle->poly_list->n, vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n);
   if(vesicle->poly_list!=NULL){
      npoly=vesicle->poly_list->n;
      if(npoly!=0){
         nfono=vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n;
      } else {
         nfono=0;
      }
   } else {
      npoly=0;
      nfono=0;
   }
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nmono=\"%u\" compressed=\"false\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);
   return TS_SUCCESS;
}

@@ -59,11 +80,11 @@

ts_bool xml_trisurf_tria(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist){
   ts_uint i;
   ts_sprintf(data,"<tria>\n");
   ts_sprintf(data,"<tria>");
   for(i=0; i<tlist->n;i++){
      ts_sprintf(data,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
      ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
   }
   ts_sprintf(data,"</tria>\n");
   ts_sprintf(data,"</tria>");
   return TS_SUCCESS;
}

@@ -71,7 +92,7 @@
   ts_uint i;
   ts_sprintf(data,"<trianeigh>\n");
   for(i=0; i<tlist->n;i++){
      ts_sprintf(data,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
      ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
   }
   ts_sprintf(data,"</trianeigh>\n");
   return TS_SUCCESS;
@@ -84,7 +105,7 @@
      for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
         ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx);
      }
      ts_sprintf(data, "</vtxn>\n");
      ts_sprintf(data, "</vtxn>");
   }
   return TS_SUCCESS;
}
@@ -96,7 +117,7 @@
      for(j=0;j<vlist->vtx[i]->tristar_no;j++){
         ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->tristar[j]->idx);
      }
      ts_sprintf(data, "</tristar>\n");
      ts_sprintf(data, "</tristar>");
   }
   return TS_SUCCESS;
}
@@ -108,6 +129,7 @@

/* zlib compression base64 encoded */
/* compressed must not be pre-malloced */
/* taken from https://gist.github.com/arq5x/5315739 */
ts_uint ts_compress_string64(char *data, ts_uint data_len, char **compressed){
   z_stream defstream;
   defstream.zalloc = Z_NULL;
@@ -129,6 +151,10 @@
   return nbase;
}

ts_uint ts_decompress_string64(char *b64, ts_uint data_len, char **decompressed){
return TS_SUCCESS;

}

/* base64 encoding, taken from http://stackoverflow.com/questions/342409/how-do-i-base64-encode-decode-in-c */
static char encoding_table[] = {'A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H',
@@ -205,7 +231,7 @@
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
           if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
    }

   if(decoding_table !=NULL) free(decoding_table);
    return decoded_data;
}