Added python script that searches the VTU's xml tree

Samo Penic

2016-02-15 82fa4172eadaff3e8c5f456ceefe947fb2fcec4c

 src/vertexmove.c

@@ -20,7 +20,7 @@
    ts_double dist;
    ts_bool retval; 
    ts_uint cellidx; 
    ts_double delta_energy, delta_energy_cv,oenergy,dvol=0.0;
    ts_double delta_energy, delta_energy_cv,oenergy,dvol=0.0, darea=0.0;
    ts_double costheta,sintheta,phi,r;
   //This will hold all the information of vtx and its neighbours
   ts_vertex backupvtx[20], *constvol_vtx_moved=NULL, *constvol_vtx_backup=NULL;
@@ -41,7 +41,7 @@
//       vtx->y=vtx->y+vesicle->stepsize*(2.0*rn[1]-1.0);
//       vtx->z=vtx->z+vesicle->stepsize*(2.0*rn[2]-1.0);

   //random move in a sphere with radius stepsize:
//random move in a sphere with radius stepsize:
   r=vesicle->stepsize*rn[0];
   phi=rn[1]*2*M_PI;
   costheta=2*rn[2]-1;
@@ -51,12 +51,12 @@
   vtx->z=vtx->z+r*costheta;


       //distance with neighbours check
//distance with neighbours check
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        dist=vtx_distance_sq(vtx,vtx->neigh[i]);
        if(dist<1.0 || dist>vesicle->dmax) {
      vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
      return TS_FAIL;
          vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
          return TS_FAIL;
      }
    }

@@ -87,14 +87,19 @@
    } 
   
 
    //if all the tests are successful, then energy for vtx and neighbours is calculated
//if all the tests are successful, then energy for vtx and neighbours is calculated
   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
   memcpy((void *)&backupvtx[i+1],(void *)vtx->neigh[i],sizeof(ts_vertex));
   }

   if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch==1){
   if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch>0){
      for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol-=vtx->tristar[i]->volume;
   };
   }

    if(vesicle->tape->constareaswitch==2){
      for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) darea-=vtx->tristar[i]->area;
    
    }

    delta_energy=0;
    
@@ -113,11 +118,43 @@
        delta_energy+=vtx->neigh[i]->xk*(vtx->neigh[i]->energy-oenergy);
    }

   if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch == 1){
   if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch >0){
      for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) dvol+=vtx->tristar[i]->volume;
        if(vesicle->pswitch==1) delta_energy-=vesicle->pressure*dvol;
   };

    if(vesicle->tape->constareaswitch==2){
        /* check whether the darea is gt epsarea */
      for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) darea+=vtx->tristar[i]->area;
        if(fabs(vesicle->area+darea-A0)>epsarea){
           //restore old state.
          vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
              for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
                 vtx->neigh[i]=memcpy((void *)vtx->neigh[i],(void *)&backupvtx[i+1],sizeof(ts_vertex));
              }
                  for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) triangle_normal_vector(vtx->tristar[i]); 
                  //fprintf(stderr,"fajlam!\n");
                  return TS_FAIL;
      }


    }

   if(vesicle->tape->constvolswitch==2){
      /*check whether the dvol is gt than epsvol */
         //fprintf(stderr,"DVOL=%1.16e\n",dvol);
      if(fabs(vesicle->volume+dvol-V0)>epsvol){
         //restore old state.
          vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)&backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
              for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
                 vtx->neigh[i]=memcpy((void *)vtx->neigh[i],(void *)&backupvtx[i+1],sizeof(ts_vertex));
              }
                  for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) triangle_normal_vector(vtx->tristar[i]); 
                  //fprintf(stderr,"fajlam!\n");
                  return TS_FAIL;
      }

   } else
//    vesicle_volume(vesicle);
//    fprintf(stderr,"Volume before=%1.16e\n", vesicle->volume);
   if(vesicle->tape->constvolswitch == 1){
@@ -189,9 +226,16 @@
      
   }

    if(vesicle->tape->constvolswitch == 2){
   vesicle->volume+=dvol;
    } else
    if(vesicle->tape->constvolswitch == 1){
        constvolumeaccept(vesicle,constvol_vtx_moved,constvol_vtx_backup);
    }

    if(vesicle->tape->constareaswitch==2){
        vesicle->area+=darea;
    }
//   if(oldcellidx);
    //END MONTE CARLOOOOOOO
//    vesicle_volume(vesicle);