Seems that the bugs are fixed. Pegs are self avoidant now

Samo Penic

2016-07-13 82a8abcddd62838bfcd06b6081042caf4d385a88

 src/restore.c

@@ -168,6 +168,13 @@
       if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"nucleus"))){
         parseTrisurfNucleus(vesicle, doc, child);
      }
        if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"constant_volume"))){
         parseTrisurfConstantVolume(doc, child);
      }
        if ((!xmlStrcmp(child->name, (const xmlChar *)"constant_area"))){
         parseTrisurfConstantArea(doc, child);
      }


   child = child->next;
   }
@@ -182,6 +189,21 @@


/* Low level tags parsers */
ts_bool parseTrisurfConstantVolume(xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
   xmlChar *cvol = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
   char *n=(char *)cvol;
   V0=atof(n);
   xmlFree(cvol);
   return TS_SUCCESS;
}
ts_bool parseTrisurfConstantArea(xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
   xmlChar *carea = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
   char *n=(char *)carea;
   A0=atof(n);
   xmlFree(carea);
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool parseTrisurfNucleus(ts_vesicle *vesicle, xmlDocPtr doc, xmlNodePtr cur){
   xmlChar *coords = xmlNodeListGetString(doc, cur->xmlChildrenNode, 1);
   char *n=(char *)coords;