have some kind of memory allocation error :(

Samo Penic

2019-10-17 80ebbe388f3e945e62f47b0141c660ee6f05c8fc

 src/snapshot.c

@@ -1,18 +1,80 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */	
#include<stdio.h>
#include<general.h>
#include<snapshot.h>
#include<stdlib.h>
#include<stdarg.h>
#include <zlib.h>
#include<inttypes.h>
#include<config.h>
#include <time.h>
#include <string.h>
#include "io.h"
/* a helper function that utilizes ts_string data structure and performs same as sprintf */
ts_uint ts_sprintf(ts_string *str, char *fmt, ...){
   va_list ap;
   va_start(ap,fmt);
   ts_uint n=vsprintf(&(str->string[str->beg]),fmt,ap);
   va_end(ap);
   str->beg+=n;
   return n;
}

/* outputs additional data into paraview xml file */
ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){

   ts_string *data=(ts_string *)malloc(sizeof(ts_sprintf));
   data->string=(char *)malloc(5120000*sizeof(char)); /*TODO: warning, can break if the string is to long */
   data->beg=0;
	
   xml_trisurf_header(fh, vesicle);
   xml_trisurf_tria(fh,vesicle->tlist);
   xml_trisurf_tria_neigh(fh,vesicle->tlist);
   xml_trisurf_vtx_neigh(fh,vesicle->vlist);
   xml_trisurf_vtx_tristar(fh,vesicle->vlist);
   xml_trisurf_tria(data,vesicle->tlist);
   xml_trisurf_tria_neigh(data,vesicle->tlist);
   xml_trisurf_vtx_neigh(data,vesicle->vlist);	
   xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);
   xml_trisurf_nucleus(data,vesicle);
   xml_trisurf_constvolarea(data,V0,A0);
//#ifdef COMPRESSION
   char *compressed;
   ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg-1, &compressed); //suppress null character at the end with by substracting 1
   fwrite(compressed, sizeof(unsigned char), nbytes, fh);
   free (compressed);
//#else
//   fprintf(fh,"%s", data->string);
//#endif
   free(data->string);  /* TODO: valgrind is not ok with this! */
   free(data);
   xml_trisurf_footer(fh);
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_header(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nfono=\"%u\">\n", vesicle->vlist->n, vesicle->poly_list->n, vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n);
/* format current time */
   time_t current_time;
       char *c_time_string;
   current_time = time(NULL);
   c_time_string = ctime(&current_time);
   int npoly, nfono;	

   fprintf(fh, "<trisurfversion>Trisurf (commit %s), compiled on %s %s</trisurfversion>\n",TS_VERSION, __DATE__,  __TIME__);
   fprintf(fh, "<dumpdate>%s</dumpdate>\n", c_time_string);

   fprintf(fh, "<tape>");
      fprintf(fh,"%s",tapetxt);	
   fprintf(fh, "</tape>\n");
   if(vesicle->poly_list!=NULL){
      npoly=vesicle->poly_list->n;
      if(npoly!=0){
         nfono=vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n;
      } else {
         nfono=0;
      }
   } else {
      npoly=0;
      nfono=0;
   }
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nmono=\"%u\" compressed=\"false\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);
   return TS_SUCCESS;
}

@@ -21,47 +83,202 @@
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_tria(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist){
ts_bool xml_trisurf_tria(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist){
   ts_uint i;
   fprintf(fh,"<tria>\n");
   ts_sprintf(data,"<tria>");
   for(i=0; i<tlist->n;i++){
      fprintf(fh,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
      ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
   }
   fprintf(fh,"</tria>\n");
   ts_sprintf(data,"</tria>");
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(FILE *fh, ts_triangle_list *tlist){
ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist){
   ts_uint i;
   fprintf(fh,"<trianeigh>\n");
   ts_sprintf(data,"<trianeigh>\n");
   for(i=0; i<tlist->n;i++){
      fprintf(fh,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
      ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
   }
   fprintf(fh,"</trianeigh>\n");
   ts_sprintf(data,"</trianeigh>\n");
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist){
ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist){
   ts_uint i,j;
   for(i=0;i<vlist->n;i++){
      fprintf(fh,"<vtxn idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
      ts_sprintf(data,"<vtxn idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
      for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
         fprintf(fh,"%u ",vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx);
         ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx);
      }
      fprintf(fh, "</vtxn>\n");
      ts_sprintf(data, "</vtxn>");
   }
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(FILE *fh, ts_vertex_list *vlist){
ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist){
   ts_uint i,j;
   for(i=0;i<vlist->n;i++){
      fprintf(fh,"<tristar idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
      ts_sprintf(data,"<tristar idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
      for(j=0;j<vlist->vtx[i]->tristar_no;j++){
         fprintf(fh,"%u ",vlist->vtx[i]->tristar[j]->idx);
         ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->tristar[j]->idx);
      }
      fprintf(fh, "</tristar>\n");
      ts_sprintf(data, "</tristar>");
   }
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_nucleus(ts_string *data, ts_vesicle* vesicle){
   if(vesicle->R_nucleus>0.0 || (vesicle->R_nucleusX>0.0 && vesicle->R_nucleusY>0.0 && vesicle->R_nucleusZ>0.0)){
      ts_sprintf(data,"<nucleus>%.17e %.17e %.17e</nucleus>",vesicle->nucleus_center[0], vesicle->nucleus_center[1], vesicle->nucleus_center[2]);
   }
   return TS_SUCCESS;
}
ts_bool xml_trisurf_constvolarea(ts_string *data, ts_double volume, ts_double area){
   ts_sprintf(data,"<constant_volume>%.17e</constant_volume>",volume);
   ts_sprintf(data,"<constant_area>%.17e</constant_area>",area);

   return TS_SUCCESS;
}


/* UTILITIES */

/* zlib compression base64 encoded */
/* compressed must not be pre-malloced */
/* taken from https://gist.github.com/arq5x/5315739 */
ts_uint ts_compress_data(char *data, ts_uint data_len, char **compressed){
   z_stream defstream;
   defstream.zalloc = Z_NULL;
   defstream.zfree = Z_NULL;
   defstream.opaque = Z_NULL;
   defstream.avail_in = data_len+1;
   defstream.next_in = (unsigned char *)data;	
   fprintf(stderr,"WAS HERE %d\n", data_len);
   *compressed=(char *)malloc(data_len*sizeof(char *));
   defstream.avail_out = data_len+1;
   defstream.next_out = (unsigned char *)*compressed;
   deflateInit(&defstream, Z_BEST_COMPRESSION);
       deflate(&defstream, Z_FINISH);
       deflateEnd(&defstream);
   return defstream.total_out;
}

ts_uint ts_compress_string64(char *data, ts_uint data_len, char **encoded_compressed){
   size_t nbase;
   char *compr;
   size_t number_of_compressed_bytes=ts_compress_data(data, data_len, &compr);
   *encoded_compressed=base64_encode((unsigned char *)compr,number_of_compressed_bytes,&nbase);
   free(compr);
   return nbase;
}

char *ts_compress_intlist(int *data, ts_uint data_len){
   size_t nbase;
   char *compr;
   size_t number_of_compressed_bytes=ts_compress_data((char *)data, data_len*sizeof(int), &compr);
   char *encoded_compressed=base64_encode((unsigned char *)compr,number_of_compressed_bytes,&nbase);
   free(compr);
   ts_uint header[4]={1, data_len, data_len, nbase};
   char *encoded_header=(char *)base64_encode((unsigned char *)header, 4*sizeof(ts_uint), &nbase);
   encoded_header=realloc(encoded_header, 4*sizeof(ts_uint)+strlen(encoded_compressed));
   encoded_header=strcat(encoded_header,encoded_compressed);
   free(encoded_compressed);
   return encoded_header;
}

ts_uint ts_decompress_string64(char *b64, ts_uint data_len, char **decompressed){
return TS_SUCCESS;

}

/* base64 encoding, taken from http://stackoverflow.com/questions/342409/how-do-i-base64-encode-decode-in-c */
static char encoding_table[] = {'A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H',
                                'I', 'J', 'K', 'L', 'M', 'N', 'O', 'P',
                                'Q', 'R', 'S', 'T', 'U', 'V', 'W', 'X',
                                'Y', 'Z', 'a', 'b', 'c', 'd', 'e', 'f',
                                'g', 'h', 'i', 'j', 'k', 'l', 'm', 'n',
                                'o', 'p', 'q', 'r', 's', 't', 'u', 'v',
                                'w', 'x', 'y', 'z', '0', '1', '2', '3',
                                '4', '5', '6', '7', '8', '9', '+', '/'};
static char *decoding_table = NULL;
static int mod_table[] = {0, 2, 1};


char *base64_encode(const unsigned char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {
   *output_length = 4 * ((input_length + 2) / 3);
   int i,j;
   char *encoded_data = malloc(*output_length);
   if (encoded_data == NULL) return NULL;
	
   for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {

          uint32_t octet_a = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
        uint32_t octet_b = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
          uint32_t octet_c = i < input_length ? (unsigned char)data[i++] : 0;
        uint32_t triple = (octet_a << 0x10) + (octet_b << 0x08) + octet_c;

          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 3 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 2 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 1 * 6) & 0x3F];
          encoded_data[j++] = encoding_table[(triple >> 0 * 6) & 0x3F];
   }

   for (i = 0; i < mod_table[input_length % 3]; i++)
          encoded_data[*output_length - 1 - i] = '=';

   return encoded_data;
}


unsigned char *base64_decode(const char *data, size_t input_length, size_t *output_length) {
   int i,j;
   if (decoding_table == NULL) build_decoding_table();

   if (input_length % 4 != 0) return NULL;

   *output_length = input_length / 4 * 3;
   if (data[input_length - 1] == '=') (*output_length)--;
   if (data[input_length - 2] == '=') (*output_length)--;

   unsigned char *decoded_data = malloc(*output_length);
   if (decoded_data == NULL) return NULL;

   for (i = 0, j = 0; i < input_length;) {
          uint32_t sextet_a = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
          uint32_t sextet_b = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
         uint32_t sextet_c = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];
          uint32_t sextet_d = data[i] == '=' ? 0 & i++ : decoding_table[(int)data[i++]];

          uint32_t triple = (sextet_a << 3 * 6)
           + (sextet_b << 2 * 6)
           + (sextet_c << 1 * 6)
           + (sextet_d << 0 * 6);

          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 2 * 8) & 0xFF;
          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 1 * 8) & 0xFF;
          if (j < *output_length) decoded_data[j++] = (triple >> 0 * 8) & 0xFF;
    }
   if(decoding_table !=NULL) free(decoding_table);
    return decoded_data;
}


void build_decoding_table() {

    decoding_table = malloc(256);
   int i;
    for (i = 0; i < 64; i++)
      decoding_table[(unsigned char) encoding_table[i]] = i;
}


void base64_cleanup() {
    free(decoding_table);
}