The initial distribution file has been rewritten. The structure of dipyrami...

Samo Penic

2010-12-04 7958e9880911c822dcb78d3e1ac743a0ccdc1e03

 src/vertex.c

@@ -39,18 +39,6 @@
    return data;
}

/*
ts_bool vtx_set_global_values(ts_vertex **vlist, ts_vesicle *vesicle){
    ts_double xk=vesicle->bending_rigidity;
    ts_uint i;
    for(i=0;i<vesicle->vlist.n;i++){
        vlist[i]->xk=xk;
    }
    return TS_SUCCESS;
}
*/



ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx){
    ts_uint i;
@@ -78,6 +66,43 @@
    return TS_SUCCESS;
}

/* TODO: optimize this. test this. */
ts_bool vtx_remove_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx){
/* find a neighbour */
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
    ts_uint i,j=0;
    for(i=0;i<vtx->data->neigh_no;i++){
        if(vtx->data->neigh[i]!=nvtx){
            vtx->data->neigh[j]=vtx->data->neigh[i];
            j++;
        }
    }
/* resize memory. potentionally time consuming */
    vtx->data->neigh_no--;
    vtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->data->neigh,vtx->data->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    if(vtx->data->neigh == NULL && vtx->data->neigh_no!=0)
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);

/* repeat for the neighbour */
/* find a neighbour */
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
    for(i=0;i<nvtx->data->neigh_no;i++){
        if(nvtx->data->neigh[i]!=vtx){
            nvtx->data->neigh[j]=nvtx->data->neigh[i];
            j++;
        }
    }
/* resize memory. potentionally time consuming. */
    nvtx->data->neigh_no--;
    nvtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->data->neigh,nvtx->data->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    if(nvtx->data->neigh == NULL && nvtx->data->neigh_no!=0)
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);

    return TS_SUCCESS;
}



ts_bool vtx_add_bond(ts_bond_list *blist,ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2){
    ts_bond *bond;
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
@@ -100,6 +125,15 @@
    return retval;
}

/*TODO: write and optimize this urgently before use! */
ts_bool vtx_remove_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex
*vtx2){
//    ts_bool retval;
/* remove the bond */
//retval=vtx_remove_bond(blist,vtx1,vtx2);
/* remove the vertices */
    return TS_SUCCESS;
}



@@ -130,20 +164,53 @@
    return TS_SUCCESS;
}



/* rewrite for additional structure in chain */
/*inline ts_double vtx_distance_sq(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
inline ts_double vtx_distance_sq(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_double dist;
    ts_vertex_data *vd1=vtx1->data, *vd2=vtx2->data;
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
    dist=pow((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + pow((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + pow((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
    dist=pow(vd1->x-vd2->x,2) + pow(vd1->y-vd2->y,2) + pow(vd1->z-vd2->z,2);
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
    dist=powl((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + powl((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + powl((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
    dist=powl(vd1->x-vd2->x,2) + powl(vd1->y-vd2->y,2) + powl(vd1->z-vd2->z,2);
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
    dist=powf((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + powf((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + powf((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
    dist=powf(vd1->x-vd2->x,2) + powf(vd1->y-vd2->y,2) + powf(vd1->z-vd2->z,2);
#endif
    return(dist);
}
*/



ts_bool vtx_set_global_values(ts_vesicle *vesicle){ 
    ts_double xk=vesicle->bending_rigidity;
    ts_uint i; 
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
        vesicle->vlist->vtx[i]->data->xk=xk;
    }
    return TS_SUCCESS;
}

inline ts_double vtx_direct(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2, ts_vertex *vtx3){
    ts_double dX2=vtx2->data->x-vtx1->data->x;
    ts_double dY2=vtx2->data->y-vtx1->data->y;
    ts_double dZ2=vtx2->data->z-vtx1->data->z;
    ts_double dX3=vtx3->data->x-vtx1->data->x;
    ts_double dY3=vtx3->data->y-vtx1->data->y;
    ts_double dZ3=vtx3->data->z-vtx1->data->z;
    ts_double direct=vtx1->data->x*(dY2*dZ3 -dZ2*dY3)+ 
        vtx1->data->y*(dZ2*dX3-dX2*dZ3)+
        vtx1->data->z*(dX2*dY3-dY2*dX3);
    return(direct);    
}


inline ts_bool vertex_add_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristarmem){
   vtx->data->tristar_no++;
   vtx->data->tristar=(ts_triangle **)realloc(vtx->data->tristar,vtx->data->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
   if(vtx->data->tristar==NULL){
         fatal("Reallocation of memory while adding tristar failed.",3);
   }
   vtx->data->tristar[vtx->data->tristar_no-1]=tristarmem;
   return TS_SUCCESS;
}