Full write of constant volume plugin

Samo Penic

2019-03-08 7522b886602380764ce76f1d2244fad11bd1054f

 src/general.h

@@ -195,11 +195,13 @@
   ts_double znorm;
    ts_double area; // firstly needed for sh.c
    ts_double volume; // firstly needed for sh.c
   ts_double energy;
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

struct ts_triangle_list{
    ts_uint n;
   ts_double a0;
    ts_triangle **tria;
};
typedef struct ts_triangle_list ts_triangle_list;
@@ -273,6 +275,8 @@
   long int pswitch;
    long int constvolswitch;
    long int constareaswitch;
   long int stretchswitch;
   ts_double xkA0;
    ts_double constvolprecision;
       char *multiprocessing;
      long int brezveze0;
@@ -302,13 +306,16 @@

/* plugins */
typedef struct {
   void (*at_start)(void);
   void (*after_vesicle_init)(void *vesicle);
   void (*at_start)(int argc, char **argv);
   void *(*after_vesicle_init)(void *vesicle);
   ts_bool (*vm_hard_constraint)(void *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *odl_vtx);
   ts_double (*vm_energy_before)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_energy_after)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_new_state_accepted)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_new_state_rejected)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   void (*vm_energy_before_prepare)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_energy_before_execute)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_energy_after_prepare)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_energy_after_execute)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_before_montecarlo_constraint)(void *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *old_vtx);
   ts_double (*vm_new_state_accepted)(void *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *old_vtx);
   ts_double (*vm_new_state_rejected)(void *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *old_vtx);
   void (*cleanup)(void);
} ts_plugin_function;

@@ -316,6 +323,7 @@
   ts_char *name;
   ts_char *description;
   ts_char *author;
   void *data;
} ts_plugin_details;

typedef struct {
@@ -325,9 +333,30 @@
   void *libhandle;
} ts_plugin;

struct ts_plugin_chain {
   ts_plugin *plugin;
   struct ts_plugin_chain *next;
};
typedef struct ts_plugin_chain ts_plugin_chain;

typedef struct {
   ts_plugin_chain *at_start;
   ts_plugin_chain *after_vesicle_init;
   ts_plugin_chain *vm_hard_constraint;
   ts_plugin_chain *vm_energy_before_prepare;
   ts_plugin_chain *vm_energy_after_execute;
   ts_plugin_chain *vm_before_montecarlo_constraint;
   ts_plugin_chain *vm_new_state_accepted;
   ts_plugin_chain *vm_new_state_rejected;
   ts_plugin_chain *cleanup;
} ts_plugin_chains;


typedef struct {
   ts_uint n;
   ts_plugin **plugin;
   ts_plugin_chains *chain;
   ts_plugin_chain *pointer;
} ts_plugin_list;

/* end plugins */
@@ -361,7 +390,7 @@
   ts_double nucleus_center[3];
   ts_double area;
   ts_confinement_plane confinement_plane;
   ts_plugin_list plist;
   ts_plugin_list *plist;
} ts_vesicle;