dont know

Samo Penic

2014-03-05 719c9febac2eaff9483fda487b57684afbb59bb2

 src/vertex.c

@@ -8,131 +8,115 @@

ts_vertex_list *init_vertex_list(ts_uint N){   
   ts_int i;
    ts_vertex *tlist;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list));
    
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)calloc(1,sizeof(ts_vertex_list));
 
   if(N==0){
      err("Initialized vertex list with zero elements. Pointer set to NULL");
        vlist->n=0;
      vlist->vtx=NULL;
           vlist->n=0;
      vlist->vtx=(ts_vertex **)calloc(1,sizeof(ts_vertex *)); /*Allocate one memory space for vlist anyway */
      return vlist;
   }
   
    vlist->vtx=(ts_vertex **)malloc(N*sizeof(ts_vertex *));
    tlist=(ts_vertex *)malloc(N*sizeof(ts_vertex));
    if(vlist->vtx==NULL || tlist==NULL)
    vlist->vtx=(ts_vertex **)calloc(N,sizeof(ts_vertex *));
    if(vlist->vtx==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for vertex list! Could number of requsted vertices be too large?", 100);
    for(i=0;i<N;i++) {
        vlist->vtx[i]=&tlist[i];
        vlist->vtx[i]->data=init_vertex_data();
        vlist->vtx[i]=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
        vlist->vtx[i]->idx=i;
    }
   vlist->vtx[i]->neigh=init_vertex_list(0);
       /* initialize Ylm for spherical hamonics DONE in sh.c */
       }
    vlist->n=N;
   return vlist;
    vlist->list_size=TS_VLIST_CHUNK; //TODO: can be buggy in some cases, when N>0 and we want to delete some vertices.
    return vlist;
}

ts_vertex_data *init_vertex_data(){
    ts_vertex_data *data;
    data=(ts_vertex_data *)calloc(1,sizeof(ts_vertex_data));
    if(data==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for ts_vertex! Memory full?", 100);
    return data;

ts_bool vertex_list_add_vtx(ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx){

#ifdef DEBUG
   if(vtx==NULL || vlist==NULL)
      return TS_FAIL;
#endif
   if(vlist->list_size < vlist->n+1){
      vlist->vtx=(ts_vertex **)realloc(vlist->vtx, (vlist->list_size+TS_VLIST_CHUNK)*sizeof(ts_vertex*));
      if(vlist->vtx==NULL){
         fatal("Error in vertex_list_add. Could not reallocate memory space.",9999);
      }
      vlist->list_size+=TS_VLIST_CHUNK;
   }
   vlist->vtx[vlist->n]=vtx;
   vlist->n++;
   return TS_SUCCESS;
}

/*
ts_bool vtx_set_global_values(ts_vertex **vlist, ts_vesicle *vesicle){
    ts_double xk=vesicle->bending_rigidity;
    ts_uint i;
    for(i=0;i<vesicle->vlist.n;i++){
        vlist[i]->xk=xk;
    }
    return TS_SUCCESS;
}
*/



ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx){
    ts_uint i;
    /* no neighbour can be null! */
    if(vtx==NULL || nvtx==NULL) return TS_FAIL;
    
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
    for(i=0; i<vtx->data->neigh_no;i++){
        if(vtx->data->neigh[i]==nvtx) return TS_FAIL;
    }
    ts_uint nn=++vtx->data->neigh_no;
    vtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    vtx->data->neigh[nn-1]=nvtx;

    /* pa se sosedu dodamo vertex */
    /*if it is already a neighbour don't add it to the list */
    for(i=0; i<nvtx->data->neigh_no;i++){
        if(nvtx->data->neigh[i]==vtx) return TS_FAIL;
    } 
    nn=++nvtx->data->neigh_no;
    nvtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->data->neigh, nn*sizeof(ts_vertex *));
    nvtx->data->neigh[nn-1]=vtx;


    return TS_SUCCESS;
/* Idea is to delete vertex by removing it from list. The emply place is then filled in by the last 
vertex in the list. List can then be resized by one -- unless resize is required when max list size - 
real list size > predefined value */
ts_bool vertex_list_remove_vtx(ts_vertex_list *vlist, ts_vertex *vtx){
#ifdef DEBUG
   if(vtx==NULL || vlist==NULL) return TS_FAIL;
#endif
   ts_uint i;
   for(i=0; i<vlist->n;i++){
      if(vlist->vtx[i]==vtx){
         vlist->vtx[i]=vlist->vtx[vlist->n-1];
         vlist->n--;
         if(vlist->list_size-vlist->n > TS_VLIST_CHUNK){
            vlist->vtx=(ts_vertex **)realloc(vlist->vtx, (vlist->list_size-TS_VLIST_CHUNK)*sizeof(ts_vertex*));
            if(vlist->vtx==NULL){
               fatal("Error in vertex_list_add. Could not reallocate memory space.",9999);
            }
            vlist->list_size-=TS_VLIST_CHUNK;
         }
         return TS_SUCCESS;
      }
   }
   return TS_FAIL;
}

/* TODO: optimize this. test this. */
ts_bool vtx_remove_neighbour(ts_vertex *vtx, ts_vertex *nvtx){
/* find a neighbour */
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
    ts_uint i,j=0;
    for(i=0;i<vtx->data->neigh_no;i++){
        if(vtx->data->neigh[i]!=nvtx){
            vtx->data->neigh[j]=vtx->data->neigh[i];
            j++;
        }
    }
/* resize memory. potentionally time consuming */
    vtx->data->neigh_no--;
    vtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(vtx->data->neigh,vtx->data->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    if(vtx->data->neigh == NULL && vtx->data->neigh_no!=0)
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);

/* repeat for the neighbour */
/* find a neighbour */
/* remove it from the list while shifting remaining neighbours up */
    for(i=0;i<nvtx->data->neigh_no;i++){
        if(nvtx->data->neigh[i]!=vtx){
            nvtx->data->neigh[j]=nvtx->data->neigh[i];
            j++;
        }
    }
/* resize memory. potentionally time consuming. */
    nvtx->data->neigh_no--;
    nvtx->data->neigh=(ts_vertex **)realloc(nvtx->data->neigh,nvtx->data->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
    if(nvtx->data->neigh == NULL && nvtx->data->neigh_no!=0)
        fatal("Reallocation of memory failed during removal of vertex neighbour in vtx_remove_neighbour",100);

    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool vtx_add_bond(ts_bond_list *blist,ts_vertex *vtx1,ts_vertex *vtx2){
    ts_bond *bond;
    bond=bond_add(blist,vtx1,vtx2);
    if(bond==NULL) return TS_FAIL;
    vtx1->data->bond_no++;
    vtx2->data->bond_no++;
    vtx1->bond_no++;
    vtx2->bond_no++;
   // vtx2->data->bond_no++;

    vtx1->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->data->bond, vtx1->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->data->bond[vtx1->data->bond_no-1]=bond;
    vtx2->data->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    vtx1->bond=(ts_bond **)realloc(vtx1->bond, vtx1->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx2->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->bond, vtx2->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
   // vtx2->data->bond=(ts_bond **)realloc(vtx2->data->bond, vtx2->data->bond_no*sizeof(ts_bond *)); 
    vtx1->bond[vtx1->bond_no-1]=bond;
    vtx2->bond[vtx2->bond_no-1]=bond;
   // vtx2->ata->bond[vtx2->data->bond_no-1]=bond;
    return TS_SUCCESS;
}

// Add neighbour just in one direction (add vtx2 as a neigh of vtx1 and not another way around!
ts_bool vtx_add_neighbour(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
   ts_uint i;
   if(vtx1==NULL || vtx2==NULL) return TS_FAIL;
   for(i=0;i<vtx1->neigh->n;i++){
      if (vtx1->neigh->vtx[i]==vtx2){
         return TS_FAIL;
      }
   }
      vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
   return TS_SUCCESS;
}


ts_bool vtx_add_cneighbour(ts_bond_list *blist, ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_bool retval;
    retval=vtx_add_neighbour(vtx1,vtx2);
    if(retval==TS_SUCCESS)
    retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 
   retval=vtx_add_neighbour(vtx1, vtx2);
//    retval=vertex_list_add_vtx(vtx1->neigh, vtx2);
//    retval=vertex_list_add_vtx(vtx2->neigh, vtx1);
    if(retval==TS_SUCCESS){
   //   fprintf(stderr,"Bond added\n");
      retval=vtx_add_bond(blist,vtx1,vtx2); 
      }
    return retval;
}

@@ -147,19 +131,13 @@
}



ts_bool vtx_data_free(ts_vertex_data *data){
    if(data->neigh!=NULL)   free(data->neigh);
    if(data->tristar!=NULL) free(data->tristar);
    if(data->bond!=NULL)    free(data->bond);
    if(data->cell!=NULL)    free(data->cell);
    free(data);
    return TS_SUCCESS;
}

/*not usable. can be deleted */
ts_bool vtx_free(ts_vertex  *vtx){
    vtx_data_free(vtx->data);
    if(vtx->neigh!=NULL)  {
      if (vtx->neigh->vtx!=NULL) free(vtx->neigh->vtx);
      free(vtx->neigh);
    }
    if(vtx->tristar!=NULL) free(vtx->tristar);
    if(vtx->bond!=NULL)    free(vtx->bond);
    free(vtx);
    return TS_SUCCESS;
}
@@ -167,28 +145,126 @@
ts_bool vtx_list_free(ts_vertex_list *vlist){
    int i;
    for(i=0;i<vlist->n;i++){
        vtx_data_free(vlist->vtx[i]->data);
      if(vlist->vtx[i]!=NULL) vtx_free(vlist->vtx[i]);
    }
    free(*(vlist->vtx));
    //free(*(vlist->vtx));
    free(vlist->vtx);
    free(vlist);
    return TS_SUCCESS;
}



/* rewrite for additional structure in chain */
/*inline ts_double vtx_distance_sq(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
inline ts_double vtx_distance_sq(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2){
    ts_double dist;
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
    dist=pow((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + pow((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + pow((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
    dist=pow(vtx1->x-vtx2->x,2) + pow(vtx1->y-vtx2->y,2) + pow(vtx1->z-vtx2->z,2);
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
    dist=powl((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + powl((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + powl((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
    dist=powl(vtx1->x-vtx2->x,2) + powl(vtx1->y-vtx2->y,2) + powl(vtx1->z-vtx2->z,2);
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
    dist=powf((*vtx1)->x-(*vtx2)->x,2) + powf((*vtx1)->y-(*vtx2)->y,2) + powf((*vtx1)->z-(*vtx2)->z,2);
    dist=powf(vtx1->x-vtx2->x,2) + powf(vtx1->y-vtx2->y,2) + powf(vtx1->z-vtx2->z,2);
#endif
    return(dist);
}
*/



ts_bool vtx_set_global_values(ts_vesicle *vesicle){ 
    ts_double xk=vesicle->bending_rigidity;
    ts_uint i; 
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
        vesicle->vlist->vtx[i]->xk=xk;
    }
    return TS_SUCCESS;
}

inline ts_double vtx_direct(ts_vertex *vtx1, ts_vertex *vtx2, ts_vertex *vtx3){
    ts_double dX2=vtx2->x-vtx1->x;
    ts_double dY2=vtx2->y-vtx1->y;
    ts_double dZ2=vtx2->z-vtx1->z;
    ts_double dX3=vtx3->x-vtx1->x;
    ts_double dY3=vtx3->y-vtx1->y;
    ts_double dZ3=vtx3->z-vtx1->z;
    ts_double direct=vtx1->x*(dY2*dZ3 -dZ2*dY3)+ 
        vtx1->y*(dZ2*dX3-dX2*dZ3)+
        vtx1->z*(dX2*dY3-dY2*dX3);
    return(direct);    
}


inline ts_bool vertex_add_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristarmem){
   vtx->tristar_no++;
   vtx->tristar=(ts_triangle **)realloc(vtx->tristar,vtx->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
   if(vtx->tristar==NULL){
         fatal("Reallocation of memory while adding tristar failed.",3);
   }
   vtx->tristar[vtx->tristar_no-1]=tristarmem;
   return TS_SUCCESS;
}



/* vtx remove tristar is required in  bondflip. */
/* TODO: Check whether it is important to keep the numbering of tristar
 * elements in some order or not! */
inline ts_bool vtx_remove_tristar(ts_vertex *vtx, ts_triangle *tristar){
    ts_uint i,j=0;
    for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++){
        if(vtx->tristar[i]!=tristar){
            vtx->tristar[j]=vtx->tristar[i];
            j++;
        }
    }
    vtx->tristar_no--;
    vtx->tristar=realloc(vtx->tristar,vtx->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
    if(vtx->neigh == NULL){
            fatal("Reallocation of memory failed during insertion of vertex neighbour in vertex_add_neighbour",3);
        }
    return TS_SUCCESS;
}



/* ****************************************************************** */
/* ***** New vertex copy operations. Inherently they are slow.  ***** */
/* ****************************************************************** */

ts_bool vtx_copy(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    cvtx->neigh=init_vertex_list(0);
    cvtx->tristar_no=0;
    cvtx->bond_no=0;
    cvtx->tristar=NULL;
    cvtx->bond=NULL;
    cvtx->cell=NULL;
    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool vtx_duplicate(ts_vertex *cvtx, ts_vertex *ovtx){
    memcpy((void *)cvtx,(void *)ovtx,sizeof(ts_vertex));
    return TS_SUCCESS;
}

//TODO: needs to be done
ts_vertex **vtx_neigh_copy(ts_vertex_list *vlist,ts_vertex *ovtx){
        return NULL;
}



ts_vertex_list *vertex_list_copy(ts_vertex_list *ovlist){
    ts_uint i;
    ts_vertex_list *vlist=(ts_vertex_list *)malloc(sizeof(ts_vertex_list));
    vlist=memcpy((void *)vlist, (void *)ovlist, sizeof(ts_vertex_list));
    ts_vertex **vtx=(ts_vertex **)malloc(vlist->n*sizeof(ts_vertex *));
    vlist->vtx=vtx;
    if(vlist->vtx==NULL)
        fatal("Fatal error reserving memory space for vertex list! Could number of requsted vertices be too large?", 100);
    for(i=0;i<vlist->n;i++) {
        vlist->vtx[i]=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));
        vlist->vtx[i]->idx=i;
        vtx_copy(vlist->vtx[i],ovlist->vtx[i]);
    }

    return vlist;
}