File locking into .lock seems to work fine

Samo Penic

2016-03-15 6e42ef0edaba59fd344e89ffd469202ff2bd39ac

 src/io.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include "general.h"
#include<stdio.h>
#include "io.h"
@@ -15,6 +16,7 @@
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
#include <errno.h>
#include <snapshot.h>
/** DUMP STATE TO DISK DRIVE **/

ts_bool dump_state(ts_vesicle *vesicle, ts_uint iteration){
@@ -24,7 +26,7 @@
    FILE *fh=fopen(command_line_args.dump_fullfilename,"wb");

    /* dump vesicle */
    fwrite(vesicle, sizeof(ts_vesicle),1,fh);
    fwrite(vesicle, sizeof(ts_vesicle)-sizeof(ts_double),1,fh);
    /* dump vertex list */
    fwrite(vesicle->vlist, sizeof(ts_vertex_list),1,fh);
    /* dump bond list */
@@ -201,7 +203,7 @@
/* we restore all the data from the dump */
    /* restore vesicle */
    ts_vesicle *vesicle=(ts_vesicle *)calloc(1,sizeof(ts_vesicle));
    retval=fread(vesicle, sizeof(ts_vesicle),1,fh);
    retval=fread(vesicle, sizeof(ts_vesicle)-sizeof(ts_double),1,fh);
//   fprintf(stderr,"was here! %e\n",vesicle->dmax);

    /* restore vertex list */
@@ -439,6 +441,7 @@
    sprintf(command_line_args.output_fullfilename,"output.pvd");
    sprintf(command_line_args.dump_fullfilename,"dump.bin");
    sprintf(command_line_args.tape_fullfilename,"tape");
    sprintf(command_line_args.tape_templatefull,"./tape");
            FILE *file;
    
while (1)
@@ -452,6 +455,8 @@
           {"directory",  required_argument, 0, 'd'},
           {"dump-filename", required_argument,0, 'f'},
           {"tape-options",required_argument,0,'c'},
           {"tape-template", required_argument,0,0},
            {"restore-from-vtk",required_argument,0,0},
           {0, 0, 0, 0}
         };
       /* getopt_long stores the option index here. */
@@ -470,10 +475,17 @@
           /* If this option set a flag, do nothing else now. */
           if (long_options[option_index].flag != 0)
             break;
           printf ("option %s", long_options[option_index].name);
/*           printf ("option %s", long_options[option_index].name);
           if (optarg)
             printf (" with arg %s", optarg);
           printf ("\n");
             printf (" with arg %s", optarg); 
           printf ("\n"); */
            //TODO: find a better way.
            if(strcmp(long_options[option_index].name,"tape-template")==0){
                strcpy(command_line_args.tape_templatefull,optarg);
            }
            if(strcmp(long_options[option_index].name,"restore-from-vtk")==0){
                strcpy(command_line_args.dump_from_vtk,optarg);
            }
           break;

         case 'c':
@@ -534,6 +546,7 @@
    if ((file = fopen(buffer, "w")) == NULL) {
                fprintf(stderr,"Could not create output file %s!\n", buffer);
                fatal("Please specify correct output file or check permissions of the file",1);
                //there is a tape template. make a copy into desired directory
                
            } else {
                fclose(file);
@@ -544,8 +557,15 @@
    strcpy(buffer,command_line_args.path);
    strcat(buffer,command_line_args.tape_fullfilename);
    if (stat(buffer, &sb) == -1) {
                ts_fprintf(stderr,"Tape '%s' does not exist!\n",buffer);
                fatal("Please select correct tape or check permissions of the file",1);

                //tape does not exist. does tape template exist?
                if(stat(command_line_args.tape_templatefull, &sb)==-1){ 
                    ts_fprintf(stderr,"Tape '%s' does not exist and no tape template was specified (or does not exist)!\n",buffer);
                    fatal("Please select correct tape or check permissions of the file",1);
                } else {
                    //tape template found
                    fatal("Samo did not program template copy yet",1); 
                }
            } else {
                strcpy(command_line_args.tape_fullfilename,buffer);
            }
@@ -573,7 +593,6 @@
    return TS_SUCCESS;

}




@@ -807,7 +826,9 @@
      }
   }

   fprintf(fh, "<?xml version=\"1.0\"?>\n<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\" byte_order=\"LittleEndian\" compressor=\"vtkZLibDataCompressor\">\n <UnstructuredGrid>\n");
   fprintf(fh, "<?xml version=\"1.0\"?>\n<VTKFile type=\"UnstructuredGrid\" version=\"0.1\" byte_order=\"LittleEndian\" compressor=\"vtkZLibDataCompressor\">\n");
   xml_trisurf_data(fh,vesicle);
   fprintf(fh, " <UnstructuredGrid>\n");
    fprintf(fh, "<Piece NumberOfPoints=\"%u\" NumberOfCells=\"%u\">\n",vlist->n+monono*polyno+fonono*filno, blist->n+monono*polyno+filno*(fonono-1));
    fprintf(fh,"<PointData Scalars=\"scalars\">\n<DataArray type=\"Int64\" Name=\"scalars\" format=\"ascii\">");
      for(i=0;i<vlist->n;i++){
@@ -980,6 +1001,20 @@


ts_tape *parsetape(char *filename){
   FILE *fd = fopen (filename, "r");
   long length;
   size_t size;
   fseek (fd, 0, SEEK_END);
     length = ftell (fd);
   fseek (fd, 0, SEEK_SET);
   size=fread (tapetxt, 1, length, fd);
   fclose(fd);
   if(size);
   ts_tape *tape=parsetapebuffer(tapetxt);
   return tape;
}

ts_tape *parsetapebuffer(char *buffer){
    ts_tape *tape=(ts_tape *)calloc(1,sizeof(ts_tape));
    tape->multiprocessing=calloc(255,sizeof(char));

@@ -995,6 +1030,7 @@
        CFG_SIMPLE_FLOAT("xk0",&tape->xk0),
   CFG_SIMPLE_INT("pswitch",&tape->pswitch),
   CFG_SIMPLE_INT("constvolswitch",&tape->constvolswitch),
   CFG_SIMPLE_INT("constareaswitch",&tape->constareaswitch),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("constvolprecision",&tape->constvolprecision),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("pressure",&tape->pressure),
   CFG_SIMPLE_FLOAT("k_spring",&tape->kspring),
@@ -1017,7 +1053,7 @@
    cfg_t *cfg;    
    ts_uint retval;
    cfg = cfg_init(opts, 0);
    retval=cfg_parse(cfg, filename);
    retval=cfg_parse_buf(cfg, buffer);
    if(retval==CFG_FILE_ERROR){
   fatal("No tape file.",100);
   }