Resolving the issues with restoring vesicles from vtu and fixing the volume...

Samo Penic

2018-06-27 6da644f98434d3eac8b4e19981754f6030a315a5

 src/frame.c

@@ -1,7 +1,11 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include "cell.h"
#include "frame.h"


#include "triangle.h"
ts_bool centermass(ts_vesicle *vesicle){
    ts_uint i,j, n=vesicle->vlist->n;
    ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx;
@@ -38,10 +42,19 @@
         vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
      }
    }
//move nucleus for the same vector as we moved vesicle
   vesicle->nucleus_center[0]-=vesicle->cm[0];
   vesicle->nucleus_center[1]-=vesicle->cm[1];
   vesicle->nucleus_center[2]-=vesicle->cm[2];

    vesicle->cm[0]=0.0;
    vesicle->cm[1]=0.0;
    vesicle->cm[2]=0.0;

    for(i=0;i<vesicle->tlist->n;i++){
        triangle_normal_vector(vesicle->tlist->tria[i]);
    }


    return TS_SUCCESS;
}
@@ -59,20 +72,23 @@
    }

//Add all polymers to cells
if(vesicle->poly_list!=NULL){
    for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
   for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
       cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
       cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
   }
    }
}
//Add all filaments to cells
if(vesicle->filament_list!=NULL){
     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
   for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
       cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
       cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
   }
    }
   
}   

    return TS_SUCCESS;
}