change in tape

Samo Penic

2013-11-05 6c6ceaa80e6f25fc598670d2d4a7e1fb7e8290c3

 src/general.h

@@ -2,6 +2,7 @@
#define _GENERAL_H

#include<stdarg.h>
#include<stdio.h>

/* @brief This is a header file, defining general constants and structures.
  * @file header.h
@@ -109,90 +110,138 @@

/* STRUCTURES */


/** @brief Data structure for keeping the coordinates in selected coordinate
 * system
 */
#define TS_COORD_CARTESIAN 0
#define TS_COORD_SPHERICAL 1
#define TS_COORD_CYLINDRICAL 2

typedef struct {
    ts_double e1;
    ts_double e2;
    ts_double e3;
    ts_uint coord_type;
} ts_coord;



/** @brief Data structure of all data connected to a vertex
 *
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex) in the space. To understand how to use it
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
 *  here is a detailed description of the fields in the data structure. */
struct ts_vertex_data {
        ts_uint idx; /**< Represents index of the vertex point. Should become obsolete in C. */        
        ts_double x; /**< The x coordinate of vertex. */        
struct ts_vertex {
        ts_uint idx;
        ts_double x; /**< The x coordinate of vertex. */
        ts_double y; /**< The y coordinate of vertex. */
        ts_double z; /**< The z coordinate of vertex. */
        ts_uint neigh_no; /**< The number of neighbours. */
        struct ts_vertex **neigh; /**< The pointer that holds neigh_no pointers to this structure. Careful when using pointers to pointers! Also developers do mistakes here.  */
        ts_double *bond_length;
        ts_double *bond_length_dual;
        struct ts_vertex **neigh; /**< The pointer that holds neigh_no pointers to this structure. */
        ts_double *bond_length; /**< Obsolete! The bond lenght is moved to ts_bond */
        ts_double *bond_length_dual; /**< Obsolete! Bond length in dual lattice is moved to ts_bond! */
        ts_double curvature;
        ts_double energy;
        ts_double energy_h;
        ts_uint tristar_no;
        struct ts_triangle **tristar;
        struct ts_bond **bond;
        struct ts_cell *cell;
        struct ts_triangle **tristar; /**< The list of triangles this vertex belongs to. This is an array of pointers to ts_triangle structure of tristar_no length */
        ts_uint bond_no;
        struct ts_bond **bond; /**< Array of pointers of lenght bond_no that stores information on bonds. */
        struct ts_cell *cell; /**< Which cell do we belong to? */
        ts_double xk;
        ts_double c;
        ts_uint id;
};
typedef struct ts_vertex_data ts_vertex_data;

struct ts_vertex {
        ts_uint idx;
        ts_vertex_data *data;
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
   ts_int locked;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

typedef struct {
    ts_uint n;
    ts_vertex *vtx;
    ts_vertex **vtx;

} ts_vertex_list;


/** ts_bond is a structure that describes a bond */
typedef struct {
struct ts_bond {
    ts_uint idx;
   ts_vertex *vtx1;
   ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
} ts_bond;
   ts_bool tainted;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

struct ts_bond_list {
    ts_uint n;
    ts_bond **bond;
};
typedef struct ts_bond_list ts_bond_list;

struct ts_triangle {
   ts_uint idx;
    ts_uint idx;
   ts_vertex *vertex[3];
   ts_uint neigh_no;
   struct ts_triangle **neigh;
   ts_double xnorm;
   ts_double ynorm;
   ts_double znorm;
	
    ts_double area; // firstly needed for sh.c
    ts_double volume; // firstly needed for sh.c
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

struct ts_triangle_list{
    ts_uint n;
    ts_triangle **tria;
};
typedef struct ts_triangle_list ts_triangle_list;


typedef struct ts_cell {
    ts_uint idx;
    ts_vertex **vertex;
    ts_uint nvertex;
} ts_cell;
} ts_cell; 

typedef struct {
   ts_vertex **vlist;
   ts_bond **blist;
   ts_triangle **tlist;
    ts_cell **clist;
   ts_uint nshell;
    ts_uint nvertex;
    ts_uint nbond;
    ts_uint ntria;
    ts_cell ncell;
typedef struct ts_cell_list{
    ts_uint ncmax[3];
    ts_uint cellno;
    ts_cell **cell;
    ts_double dcell;
    ts_double shift;
    ts_double max_occupancy;
    ts_uint ncmax[3];
} ts_cell_list;


typedef struct {
    ts_uint l;
    ts_double **ulm;
    ts_double **sumUlm2;
    ts_uint N;
    ts_double **co;
    ts_double ***Ylmi;
} ts_spharm;



typedef struct {
   ts_vertex_list *vlist;
   ts_bond_list *blist;
   ts_triangle_list *tlist;
    ts_cell_list *clist;
   ts_uint nshell;
    ts_double bending_rigidity;
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
    ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;
} ts_vesicle;




/* GLOBAL VARIABLES */
@@ -215,7 +264,7 @@
*/
void fatal(char *text, ts_int errcode);

//ts_uint ts_fprintf(FILE *fd, char *fmt, va_list ap);
ts_uint ts_fprintf(FILE *fd, char *fmt, ...);

#define VTX(n) &(vlist->vtx[n])
#define VTX_DATA(n) vlist->vtx[n].data