Added stretching variables

Samo Penic

2018-12-11 6c274defd904dedd6cb89c002f5eeced6c079d47

 src/tape

@@ -1,6 +1,6 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=10
nshell=17
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
@@ -14,7 +14,7 @@
# (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
pswitch = 0
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=-10.0
pressure=10.0

#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
constvolswitch=0
@@ -27,9 +27,11 @@
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=2
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
#set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
internal_poly=1

####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
@@ -84,12 +86,20 @@
#cuda options???


#NirGov branch only!
#number of vertices with spontaneous curvature (integer)
number_of_vertices_with_c0=100
#spontaneous curvature (float)
#c0/2 is spontaneous curvature. c0 is used as (c1+c1-c0)^2 in energy term (float)
c0=0.5
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
w=10.0
#direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
F=2.0



#plane confinement
plane_confinement_switch=1
#final plane distance (float in lmin)
plane_d=10
#plane to vesicle repulsion force while closing
plane_F=10