Changes in data structure, added vertex_list_remove_vtx and vertex_list_add...

Samo Penic

2013-11-30 64c113ed06cb749fdc513162a1cddf4ec024fd72

 src/vertexmove.c

@@ -20,6 +20,7 @@
    ts_bool retval; 
    ts_uint cellidx; 
    ts_double delta_energy,oenergy;
    ts_double costheta,sintheta,phi,r;
   //This will hold all the information of vtx and its neighbours
   ts_vertex backupvtx[20];
   memcpy((void *)&backupvtx[0],(void *)vtx,sizeof(ts_vertex));
@@ -35,9 +36,20 @@
*/

       //temporarly moving the vertex
   vtx->x=vtx->x+vesicle->stepsize*(2.0*rn[0]-1.0);
       vtx->y=vtx->y+vesicle->stepsize*(2.0*rn[1]-1.0);
       vtx->z=vtx->z+vesicle->stepsize*(2.0*rn[2]-1.0);
//   vtx->x=vtx->x+vesicle->stepsize*(2.0*rn[0]-1.0);
//       vtx->y=vtx->y+vesicle->stepsize*(2.0*rn[1]-1.0);
//       vtx->z=vtx->z+vesicle->stepsize*(2.0*rn[2]-1.0);

   //random move in a sphere with radius stepsize:
   r=vesicle->stepsize*rn[0];
   phi=rn[1]*2*M_PI;
   costheta=2*rn[2]-1;
   sintheta=sqrt(1-pow(costheta,2));
   vtx->x=vtx->x+r*sintheta*cos(phi);
   vtx->y=vtx->y+r*sintheta*sin(phi);
   vtx->z=vtx->z+r*costheta;


       //distance with neighbours check
    for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
        dist=vtx_distance_sq(vtx,vtx->neigh[i]);