Raj and Yoav session in making multiple protein species

Samo Penic

2021-05-10 6487a03362d35589c286d0660eba123a7ab00535

 src/general.c

@@ -61,7 +61,7 @@
    fd = open(pidFile, O_RDWR | O_CREAT, S_IRUSR | S_IWUSR);
    if (fd == -1){
        ts_fprintf(stderr,"Could not open PID file %s", pidFile);
   fatal("Cannot continue",1);
   fatal("Cannot continue (1)",1);
}
    if (flags & CPF_CLOEXEC) {

@@ -75,13 +75,13 @@
        flags = fcntl(fd, F_GETFD);                     /* Fetch flags */
        if (flags == -1){
            ts_fprintf(stderr,"Could not get flags for PID file %s", pidFile);
   fatal("Cannot continue",1);
   fatal("Cannot continue (2)",1);
}
        flags |= FD_CLOEXEC;                            /* Turn on FD_CLOEXEC */

        if (fcntl(fd, F_SETFD, flags) == -1)            /* Update flags */
            ts_fprintf(stderr,"Could not set flags for PID file %s", pidFile);
      fatal("Cannot continue",1);
      fatal("Cannot continue (3)",1);
       
    }

@@ -89,24 +89,24 @@
        if (errno  == EAGAIN || errno == EACCES){
            ts_fprintf(stderr,"PID file '%s' is locked; probably "
                     "'%s' is already running", pidFile, progName);
      fatal("Cannot continue",1);
      fatal("Cannot continue (4)",1);
}
        else{
            ts_fprintf(stderr,"Unable to lock PID file '%s'", pidFile);
   fatal("Cannot continue",1);
   fatal("Cannot continue (5)",1);
}
    }

    if (ftruncate(fd, 0) == -1){
        ts_fprintf(stderr,"Could not truncate PID file '%s'", pidFile);
   fatal("Cannot continue",1);
   fatal("Cannot continue (6)",1);
}

    snprintf(buf, BUF_SIZE, "%ld\n", (long) getpid());
    if (write(fd, buf, strlen(buf)) != strlen(buf)){

        ts_fprintf(stderr,"Writing to PID file '%s'", pidFile);
   fatal("Cannot continue",1);
   fatal("Cannot continue (7)",1);
}
    return fd;
}
@@ -135,3 +135,7 @@
    return lockReg(fd, F_SETLK, type, whence, start, len);
}


char *libVersion(){
   return TS_VERSION;
}