Raj and Yoav session in making multiple protein species

Samo Penic

2021-05-10 6487a03362d35589c286d0660eba123a7ab00535

 src/energy.c

@@ -44,9 +44,12 @@
   return TS_SUCCESS;
};

/** @brief Calculation of energy of the vertex
/** @brief Calculation of the bending energy of the vertex.
 *  
 *  Main function that calculates energy of the vertex \f$i\f$. Nearest neighbors (NN) must be ordered in counterclockwise direction for this function to work.
 *  Main function that calculates energy of the vertex \f$i\f$. Function returns \f$\frac{1}{2}(c_1+c_2-c)^2 s\f$, where \f$(c_1+c_2)/2\f$ is mean curvature,
 * \f$c/2\f$ is spontaneous curvature and \f$s\f$ is area per vertex \f$i\f$.
 *
 * Nearest neighbors (NN) must be ordered in counterclockwise direction for this function to work.
 *  Firstly NNs that form two neighboring triangles are found (\f$j_m\f$, \f$j_p\f$ and common \f$j\f$). Later, the scalar product of vectors \f$x_1=(\mathbf{i}-\mathbf{j_p})\cdot (\mathbf{i}-\mathbf{j_p})(\mathbf{i}-\mathbf{j_p})\f$, \f$x_2=(\mathbf{j}-\mathbf{j_p})\cdot  (\mathbf{j}-\mathbf{j_p})\f$  and \f$x_3=(\mathbf{j}-\mathbf{j_p})\cdot (\mathbf{i}-\mathbf{j_p})\f$  are calculated. From these three vectors the \f$c_{tp}=\frac{1}{\tan(\varphi_p)}\f$ is calculated, where \f$\varphi_p\f$ is the inner angle at vertex \f$j_p\f$. The procedure is repeated for \f$j_m\f$ instead of \f$j_p\f$ resulting in \f$c_{tn}\f$.
 *  
\begin{tikzpicture}{
@@ -181,6 +184,7 @@
#endif
// c is forced curvature energy for each vertex. Should be set to zero for
// normal circumstances.
/* the following statement is an expression for $\frac{1}{2}\int(c_1+c_2-c_0^\prime)^2\mathrm{d}A$, where $c_0^\prime=2c_0$ (twice the spontaneous curvature)  */
    vtx->energy=0.5*s*(vtx->curvature/s-vtx->c)*(vtx->curvature/s-vtx->c);

    return TS_SUCCESS;
@@ -209,7 +213,7 @@
}

ts_double direct_force_energy(ts_vesicle *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *vtx_old){
   if(fabs(vtx->c)<1e-15) return 0.0;
   if(fabs(vtx->direct_interaction_force)<1e-15) return 0.0;
//   printf("was here");
   if(fabs(vesicle->tape->F)<1e-15) return 0.0;

@@ -228,9 +232,13 @@
   ynorm/=norml;
   znorm/=norml;
   /*calculate ddp, perpendicular displacement*/
   ddp=xnorm*(vtx->x-vtx_old->x)+xnorm*(vtx->y-vtx_old->y)+znorm*(vtx->z-vtx_old->z);
   ddp=xnorm*(vtx->x-vtx_old->x)+ynorm*(vtx->y-vtx_old->y)+znorm*(vtx->z-vtx_old->z);
   /*calculate dE*/
//   printf("ddp=%e",ddp);
   return vesicle->tape->F*ddp;      
   
}

void stretchenergy(ts_vesicle *vesicle, ts_triangle *triangle){
   triangle->energy=vesicle->tape->xkA0/2.0*pow((triangle->area/vesicle->tlist->a0-1.0),2);
}