Added possibility to skip calculations of spherical harmonics. Fixed docume...

Samo Penic

2014-04-10 632960fbf1ebde72860966058354f7a6b61f5267

 src/timestep.c

@@ -22,7 +22,7 @@
   if(fd==NULL){
      fatal("Cannot open statistics.csv file for writing",1);
   }
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lmabda3\n");
   fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3\n");
   centermass(vesicle);
   cell_occupation(vesicle);
   if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
@@ -45,17 +45,19 @@
         write_master_xml_file("test.pvd");
         epochtime=get_epoch();         
         gyration_eigen(vesicle, &l1, &l2, &l3);
         get_area_volume(vesicle, &area,&volume);
         vesicle_volume(vesicle);
         vesicle_volume(vesicle); //calculates just volume. Area is not added to ts_vesicle yet!
         get_area_volume(vesicle, &area,&volume); //that's why I must recalculate area (and volume for no particular reason).
         r0=getR0(vesicle);
         preparationSh(vesicle,r0);
         calculateYlmi(vesicle);
         calculateUlm(vesicle);
         storeUlm2(vesicle);
         saveAvgUlm2(vesicle);
            if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
             preparationSh(vesicle,r0);
             calculateYlmi(vesicle);
             calculateUlm(vesicle);
             storeUlm2(vesicle);
             saveAvgUlm2(vesicle);
            }

         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %e %e %e %e %e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3);
			
         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,volume, area,l1,l2,l3);
          fflush(fd);	
      //   sprintf(filename,"timestep-%05d.pov",i-inititer);
      //   write_pov_file(vesicle,filename);
      }