Isak's proposal for stretching energy calculation, take 1

Samo Penic

2018-06-21 620ba72765eda244ca3f3806b8ad709929e74b3c

 src/bondflip.c

@@ -40,6 +40,7 @@
    ts_double delta_energy_cv;
    ts_vertex *constvol_vtx_moved, *constvol_vtx_backup;
    ts_bool retval;
   ts_double temp_area=0.0;

    if(it->neigh_no< 3) return TS_FAIL;
    if(k->neigh_no< 3) return TS_FAIL;
@@ -168,6 +169,7 @@
  oldenergy+=kp->xk* kp->energy;
  oldenergy+=km->xk* km->energy;
  oldenergy+=it->xk* it->energy;
  oldenergy+=bond->energy; /* attraction with neighboring vertices, that have spontaneous curvature */
  //Neigbours of k, it, km, kp don't change its energy.

   if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch>0){dvol = -lm->volume - lp->volume;}
@@ -175,9 +177,11 @@
/*    vesicle_volume(vesicle);
    fprintf(stderr,"Volume in the beginning=%1.16e\n", vesicle->volume);
*/

   if(vesicle->tape->stretchswitch==1){
      temp_area=vesicle->area-lm->area-lp->area;
   }
/* fix data structure for flipped bond */
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond,lm, lp, lm2, lp1);
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond,lm, lp, lm2, lp1, vesicle->tape->w);


/* Calculating the new energy */
@@ -186,7 +190,17 @@
  delta_energy+=kp->xk* kp->energy;
  delta_energy+=km->xk* km->energy;
  delta_energy+=it->xk* it->energy;
  delta_energy+=bond->energy; /* attraction with neighboring vertices, that have spontaneous curvature */
  //Neigbours of k, it, km, kp don't change its energy.
   if(vesicle->tape->stretchswitch==1){
/*      oldenergy+=lm->energy+lp->energy;
      stretchenergy(vesicle,lm);
      stretchenergy(vesicle,lp);
      delta_energy+=lm->energy+lp->energy;
   */
      temp_area=temp_area+lm->area+lp->area;
      delta_energy+=stretchenergy2(temp_area,vesicle->tlist->a0*vesicle->tlist->n)-stretchenergy2(vesicle->area,vesicle->tlist->a0*vesicle->tlist->n);
   }

    delta_energy-=oldenergy;
   if(vesicle->pswitch == 1 || vesicle->tape->constvolswitch>0){
@@ -332,7 +346,11 @@
//      fprintf(stderr,"Restoration complete!!!\n");
//    vesicle_volume(vesicle);
//    fprintf(stderr,"Volume after fail=%1.16e\n", vesicle->volume);

/*   if(vesicle->tape->stretchswitch==1){
      stretchenergy(vesicle,lm);
      stretchenergy(vesicle,lp);
   }
*/
      return TS_FAIL;
        }
    }
@@ -347,6 +365,10 @@
    if(vesicle->tape->constareaswitch==2){
        vesicle->area+=darea;
    }
   if(vesicle->tape->stretchswitch==1){
      vesicle->area=temp_area;
   }

   // delete all backups
   for(i=0;i<4;i++){
   free(bck_vtx[i]->neigh);
@@ -369,7 +391,7 @@


ts_bool ts_flip_bond(ts_vertex *k,ts_vertex *it,ts_vertex *km, ts_vertex *kp,
ts_bond *bond, ts_triangle *lm, ts_triangle *lp, ts_triangle *lm2, ts_triangle *lp1){
ts_bond *bond, ts_triangle *lm, ts_triangle *lp, ts_triangle *lm2, ts_triangle *lp1, ts_double w_energy){

    ts_uint i; //lmidx, lpidx;
if(k==NULL || it==NULL || km==NULL || kp==NULL){
@@ -435,6 +457,7 @@
  energy_vertex(kp);
  energy_vertex(km);
  energy_vertex(it);
  attraction_bond_energy(bond, w_energy);
// END modifications to data structure!
    return TS_SUCCESS;
}