Work in progress

Samo Penic

2021-04-19 51f7fd23ba4e56dc198273eb795c8d1730cf4dbe

 src/tape

@@ -14,7 +14,7 @@
# (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
pswitch = 0
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=10.0
pressure=10000.0

#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
constvolswitch=0
@@ -25,18 +25,18 @@


#Stretching
stretchswitch=1
stretchswitch=0
xkA0=1.0

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
nmono=20
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
#set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
internal_poly=1
internal_poly=0

####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
@@ -53,9 +53,9 @@
R_nucleusY=0
R_nucleusZ=0
#######  Cell definitions ############
nxmax=60
nymax=60
nzmax=60
nxmax=100
nymax=100
nzmax=100


####### Program Control ############
@@ -64,7 +64,7 @@
mcsweeps=200
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=1
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
#10000
iterations=100
@@ -99,3 +99,12 @@
w=10.0
#direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
F=2.0



#plane confinement
plane_confinement_switch=0
#final plane distance (float in lmin)
plane_d=10
#plane to vesicle repulsion force while closing
plane_F=10