An attempt of adding hard constraints plugin to the simulator. It seems it ...

Samo Penic

2019-02-27 51b4f09bca802c4941700c78c5733ce968ddc7c6

 src/general.h

@@ -1,8 +1,10 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#ifndef _GENERAL_H
#define _GENERAL_H

#include<stdarg.h>
#include<stdio.h>
#include<gsl/gsl_complex.h>
/* @brief This is a header file, defining general constants and structures.
  * @file header.h
  * @author Samo Penic
@@ -47,6 +49,8 @@
#define TS_FAIL 1

/* CONSTANTS */

#define TS_ID_FILAMENT 1

/* DATA TYPES */
/** @brief Sets the default datatype for ts_double
@@ -152,7 +156,8 @@
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
   struct ts_poly *grafted_poly;
      struct ts_poly *grafted_poly;
      struct ts_cluster *cluster;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

@@ -166,10 +171,11 @@
       ts_uint idx;
   ts_vertex *vtx1;
   ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
   ts_bool tainted;
       ts_double bond_length;
       ts_double bond_length_dual;
   ts_bool tainted; //TODO: remove
   ts_double energy;
   ts_double x,y,z;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

@@ -189,11 +195,13 @@
   ts_double znorm;
    ts_double area; // firstly needed for sh.c
    ts_double volume; // firstly needed for sh.c
   ts_double energy;
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

struct ts_triangle_list{
    ts_uint n;
   ts_double a0;
    ts_triangle **tria;
};
typedef struct ts_triangle_list ts_triangle_list;
@@ -212,12 +220,14 @@
    ts_double dcell;
    ts_double shift;
    ts_double max_occupancy;
   ts_double dmin_interspecies;
} ts_cell_list;


typedef struct {
    ts_uint l;
    ts_double **ulm;
    gsl_complex **ulmComplex;
    ts_double **sumUlm2;
    ts_uint N;
    ts_double **co;
@@ -242,6 +252,91 @@
typedef struct ts_poly_list ts_poly_list;


typedef struct{
   ts_float z_max;
   ts_float z_min;
   ts_int force_switch;
} ts_confinement_plane;

typedef struct {
   long int nshell;
   long int ncxmax;
   long int ncymax;
   long int nczmax;
   long int npoly;
   long int nmono;
   long int internal_poly;
   long int nfil;
   long int nfono;
   long int R_nucleus;
   ts_double R_nucleusX;
   ts_double R_nucleusY;
   ts_double R_nucleusZ;
   long int pswitch;
    long int constvolswitch;
    long int constareaswitch;
   long int stretchswitch;
   ts_double xkA0;
    ts_double constvolprecision;
       char *multiprocessing;
      long int brezveze0;
       long int brezveze1;
       long int brezveze2;
       ts_double xk0;
   ts_double dmax;
   ts_double dmin_interspecies;
   ts_double stepsize;
   ts_double kspring;
   ts_double xi;
   ts_double pressure;
   long int iterations;
   long int inititer;
   long int mcsweeps;
   long int quiet;
   long int shc;
   long int number_of_vertices_with_c0;
   ts_double c0;
   ts_double w;
   ts_double F;
   long int plane_confinement_switch;
   ts_double plane_d;
   ts_double plane_F;
} ts_tape;


/* plugins */
typedef struct {
   void (*at_start)(int argc, char **argv);
   void *(*after_vesicle_init)(void *vesicle);
   ts_bool (*vm_hard_constraint)(void *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *odl_vtx);
   ts_double (*vm_energy_before_prepare)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_energy_before_execute)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_energy_after_prepare)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_energy_after_execute)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_new_state_accepted)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   ts_double (*vm_new_state_rejected)(void *vesicle, ts_vertex *vtx);
   void (*cleanup)(void);
} ts_plugin_function;

typedef struct {
   ts_char *name;
   ts_char *description;
   ts_char *author;
} ts_plugin_details;

typedef struct {
   ts_plugin_details *details;
   ts_plugin_function *function;
   ts_char *filename;
   void *libhandle;
} ts_plugin;

typedef struct {
   ts_uint n;
   ts_plugin **plugin;
} ts_plugin_list;

/* end plugins */


typedef struct {
@@ -256,43 +351,48 @@
      ts_double cm[3];
   ts_double volume;
   ts_spharm *sphHarmonics;

// Polymers outside the vesicle and attached to the vesicle membrane (polymer brush):
   ts_poly_list *poly_list;
// Filaments inside the vesicle (not attached to the vesicel membrane:
   ts_poly_list *filament_list;

   ts_double spring_constant;
   ts_double pressure;
   ts_int pswitch;
    ts_tape *tape;
   ts_double R_nucleus;
   ts_double R_nucleusX;
   ts_double R_nucleusY;
   ts_double R_nucleusZ;
   ts_double nucleus_center[3];
   ts_double area;
   ts_confinement_plane confinement_plane;
   ts_plugin_list *plist;
} ts_vesicle;



typedef struct {
   long int nshell;
   long int ncxmax;
   long int ncymax;
   long int nczmax;
   long int npoly;
   long int nmono;
   long int pswitch;
       char *multiprocessing;
      long int brezveze0;
       long int brezveze1;
       long int brezveze2;
       ts_double xk0;
   ts_double dmax;
   ts_double stepsize;
   ts_double kspring;
   ts_double pressure;
   long int iterations;
   long int inititer;
   long int mcsweeps;
   long int quiet;
} ts_tape;
struct ts_cluster{
   ts_uint nvtx;
   ts_uint idx;
   ts_vertex **vtx;
};

typedef struct ts_cluster ts_cluster;

typedef struct{
   ts_uint n;
   ts_cluster **cluster;
} ts_cluster_list;


/* GLOBAL VARIABLES */

int quiet;


ts_double V0;
ts_double A0;
ts_double epsvol;
ts_double epsarea;
/* FUNCTIONS */

/** Non-fatal error function handler:
@@ -313,4 +413,12 @@
#define VTX(n) &(vlist->vtx[n])
#define VTX_DATA(n) vlist->vtx[n].data


/* FOR PID GENERATION ROUTINE */
#define CPF_CLOEXEC 1

int createPidFile(const char *progName, const char *pidFile, int flags);

int lockRegion(int fd, int type, int whence, int start, int len);
char *libVersion();
#endif