Compression except of trisurf header is done. Preparing for decompression

Samo Penic

2019-10-19 4ca00dc38c72f67dc714fbb45b3006afec097c9c

 src/snapshot.c

@@ -1,9 +1,18 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */	
#include<stdio.h>
#include<general.h>
#include<snapshot.h>
#include<stdlib.h>
#include<stdarg.h>
#include <zlib.h>
#include<inttypes.h>
#include<config.h>
#include <time.h>
#include <string.h>
#include "io.h"
#include <b64zlib_compression.h>
/* a helper function that utilizes ts_string data structure and performs same as sprintf */
ts_uint ts_sprintf(ts_string *str, char *fmt, ...){
   va_list ap;
   va_start(ap,fmt);
@@ -13,11 +22,11 @@
   return n;
}


/* outputs additional data into paraview xml file */
ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){

   ts_string *data=(ts_string *)malloc(sizeof(ts_sprintf));
   data->string=(char *)malloc(512000*sizeof(char)); /*TODO: warning, can break if the string is to long */
   data->string=(char *)malloc(5120000*sizeof(char)); /*TODO: warning, can break if the string is to long */
   data->beg=0;
   
   xml_trisurf_header(fh, vesicle);
@@ -25,34 +34,48 @@
   xml_trisurf_tria_neigh(data,vesicle->tlist);
   xml_trisurf_vtx_neigh(data,vesicle->vlist);   
   xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);
#ifdef COMPRESSION
   z_stream defstream;
   defstream.zalloc = Z_NULL;
   defstream.zfree = Z_NULL;
   defstream.opaque = Z_NULL;
   defstream.avail_in = data->beg+1;
   defstream.next_in = (unsigned char *)data->string;	
   char *compr=(char *)malloc((data->beg+1)*sizeof(char *));
   defstream.avail_out = data->beg+1;
   defstream.next_out = (unsigned char *)compr;
   deflateInit(&defstream, Z_BEST_COMPRESSION);
       deflate(&defstream, Z_FINISH);
       deflateEnd(&defstream);
   fwrite(compr, sizeof(unsigned char), defstream.total_out, fh);
//   fprintf(fh,"%s",compr);
//printf("Uncompressed size is: %lu\n", defstream.total_out);
   free(compr);
#else
   xml_trisurf_nucleus(data,vesicle);
   xml_trisurf_constvolarea(data,V0,A0);
//#ifdef COMPRESSION
//   char *compressed;
//   ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg-1, &compressed); //suppress null character at the end with by substracting 1
//   fwrite(compressed, sizeof(unsigned char), nbytes, fh);
//   free (compressed);
//#else
   fprintf(fh,"%s", data->string);
#endif
   free(data->string);
//#endif
   free(data->string);  /* TODO: valgrind is not ok with this! */
   free(data);
   xml_trisurf_footer(fh);
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_header(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nfono=\"%u\">\n", vesicle->vlist->n, vesicle->poly_list->n, vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n);
/* format current time */
   time_t current_time;
       char *c_time_string;
   current_time = time(NULL);
   c_time_string = ctime(&current_time);
   int npoly, nfono;	

   fprintf(fh, "<trisurfversion>Trisurf (commit %s), compiled on %s %s</trisurfversion>\n",TS_VERSION, __DATE__,  __TIME__);
   fprintf(fh, "<dumpdate>%s</dumpdate>\n", c_time_string);

   fprintf(fh, "<tape>");
      fprintf(fh,"%s",tapetxt);	
   fprintf(fh, "</tape>\n");
   if(vesicle->poly_list!=NULL){
      npoly=vesicle->poly_list->n;
      if(npoly!=0){
         nfono=vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n;
      } else {
         nfono=0;
      }
   } else {
      npoly=0;
      nfono=0;
   }
   fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nmono=\"%u\" compressed=\"false\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);
   return TS_SUCCESS;
}

@@ -63,11 +86,11 @@

ts_bool xml_trisurf_tria(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist){
   ts_uint i;
   ts_sprintf(data,"<tria>\n");
   ts_sprintf(data,"<tria>");
   for(i=0; i<tlist->n;i++){
      ts_sprintf(data,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
      ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
   }
   ts_sprintf(data,"</tria>\n");
   ts_sprintf(data,"</tria>");
   return TS_SUCCESS;
}

@@ -75,7 +98,7 @@
   ts_uint i;
   ts_sprintf(data,"<trianeigh>\n");
   for(i=0; i<tlist->n;i++){
      ts_sprintf(data,"%u %u %u\n",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
      ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
   }
   ts_sprintf(data,"</trianeigh>\n");
   return TS_SUCCESS;
@@ -88,7 +111,7 @@
      for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
         ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx);
      }
      ts_sprintf(data, "</vtxn>\n");
      ts_sprintf(data, "</vtxn>");
   }
   return TS_SUCCESS;
}
@@ -100,8 +123,21 @@
      for(j=0;j<vlist->vtx[i]->tristar_no;j++){
         ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->tristar[j]->idx);
      }
      ts_sprintf(data, "</tristar>\n");
      ts_sprintf(data, "</tristar>");
   }
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool xml_trisurf_nucleus(ts_string *data, ts_vesicle* vesicle){
   if(vesicle->R_nucleus>0.0 || (vesicle->R_nucleusX>0.0 && vesicle->R_nucleusY>0.0 && vesicle->R_nucleusZ>0.0)){
      ts_sprintf(data,"<nucleus>%.17e %.17e %.17e</nucleus>",vesicle->nucleus_center[0], vesicle->nucleus_center[1], vesicle->nucleus_center[2]);
   }
   return TS_SUCCESS;
}
ts_bool xml_trisurf_constvolarea(ts_string *data, ts_double volume, ts_double area){
   ts_sprintf(data,"<constant_volume>%.17e</constant_volume>",volume);
   ts_sprintf(data,"<constant_area>%.17e</constant_area>",area);

   return TS_SUCCESS;
}