Removed obsolete dumpstate.c and dumpstate.h files.

Samo Penic

2019-10-16 4a35612678295c86677923de3fa5d43e90371667

 src/timestep.c

@@ -20,12 +20,12 @@


ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations, ts_uint start_iteration){
   ts_uint i, j,k,l,m;
   ts_double r0,kc1=0,kc2=0,kc3=0,kc4=0;
   ts_uint i, j,k; //,l,m;
   ts_double kc1=0,kc2=0,kc3=0,kc4=0;
   ts_double l1,l2,l3,vmsr,bfsr, vmsrt, bfsrt;
   ts_ulong epochtime;
   ts_double max_z,min_z;
   FILE *fd1,*fd2=NULL,*fd3=NULL;
   FILE *fd3=NULL;
    char filename[10000];
   //struct stat st;
   strcpy(filename,command_line_args.path);
@@ -42,7 +42,7 @@
   if(start_iteration==0)
      fprintf(fd, "Epoch OuterLoop VertexMoveSucessRate BondFlipSuccessRate Volume Area lamdba1 lambda2 lambda3 Kc(2-9) Kc(6-9) Kc(2-end) Kc(3-6)\n");

    if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
/*    if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
        strcpy(filename,command_line_args.path);
        strcat(filename,"ulm2.csv"); 
//   int result = stat(filename, &st);
@@ -52,10 +52,12 @@
      fd2=fopen(filename,"a");
   if(fd2==NULL){
      fatal("Cannot open ulm2.csv file for writing",1);
   }
   } 

   if(start_iteration==0) //file does not exist
      fprintf(fd2, "Timestep u_00^2 u_10^2 u_11^2 u_20^2 ...\n");   
   }
*/

/* RANDOM SEED SET BY CURRENT TIME */
   epochtime=get_epoch();         
@@ -71,6 +73,7 @@
      A0=vesicle->area;
   ts_fprintf(stdout,"Setting area A0=%.17f\n",A0);
   epsvol=4.0*sqrt(2.0*M_PI)/pow(3.0,3.0/4.0)*V0/pow(vesicle->tlist->n,3.0/2.0);
//   printf("epsvol=%e\n",epsvol);
   epsarea=A0/(ts_double)vesicle->tlist->n;

   if(start_iteration<inititer) ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
@@ -121,16 +124,20 @@
      bfsr/=(ts_double)mcsweeps;
      centermass(vesicle);
      cell_occupation(vesicle);
            dump_state(vesicle,i);
         vesicle_volume(vesicle); //calculates just volume. 
                  vesicle_area(vesicle); //calculates area.
      if(vesicle->tape->constvolswitch==0){
         V0=vesicle->volume;
      }
      if(vesicle->tape->constareaswitch==0){
         A0=vesicle->area;
      }
      if(i>=inititer){
         write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer,NULL);
         write_master_xml_file(command_line_args.output_fullfilename);
         epochtime=get_epoch();         
         gyration_eigen(vesicle, &l1, &l2, &l3);
         vesicle_volume(vesicle); //calculates just volume. 
            vesicle_area(vesicle); //calculates area.
         r0=getR0(vesicle);
            if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
         //r0=getR0(vesicle);
/*            if(vesicle->sphHarmonics!=NULL){
             preparationSh(vesicle,r0);
             //calculateYlmi(vesicle);
             calculateUlmComplex(vesicle);
@@ -140,6 +147,7 @@
                kc2=calculateKc(vesicle, 6,9);
                kc3=calculateKc(vesicle, 2,vesicle->sphHarmonics->l);
                kc4=calculateKc(vesicle, 3,6);

                strcpy(filename,command_line_args.path);
                strcat(filename,"state.dat");  
            fd1=fopen(filename,"w");
@@ -165,7 +173,9 @@
   
             fflush(fd2);   


            }
*/

         fprintf(fd, "%lu %u %e %e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e %1.16e\n",epochtime,i,vmsr,bfsr,vesicle->volume, vesicle->area,l1,l2,l3,kc1, kc2, kc3,kc4);

@@ -182,7 +192,7 @@
      ts_fprintf(stdout,"Done %d out of %d iterations (x %d MC sweeps).\n",i+1,inititer+iterations,mcsweeps);
   }
   fclose(fd);
   if(fd2!=NULL) fclose(fd2);
//   if(fd2!=NULL) fclose(fd2);
   return TS_SUCCESS;
}