Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2014-04-21 459ff94855b2659de14ac2ac902b9658d28e19d5
src/tape
@@ -3,6 +3,8 @@
nshell=17
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
dmin_interspecies=1.2
# bending rigidity of the membrane (in units kT)
xk0=10.0
# max step size (in units l_min)
@@ -10,13 +12,13 @@
# Pressure calculations
# (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
pswitch = 0
pswitch = 1
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=0.1
pressure=0.0
####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=300
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer
@@ -24,11 +26,11 @@
####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
nfil=1
nfil=2
# nfono is a number of monomers in each filament
nfono=300
# Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
xi=100
xi=0
####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
# Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
@@ -42,13 +44,16 @@
####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=500
mcsweeps=250
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
iterations=20
iterations=1000
###### Spherical harmonics ###########
spherical_harmonics_coefficients=15
#shut up if we are using cluster!!!
quiet=false