Fixes #19.

Samo Penic

2016-09-15 3cd5f4a96d445b55da8a7e6da8509bbd7d5d41b8

 src/poly.c

@@ -1,3 +1,4 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include"general.h"
#include"poly.h"
#include<stdlib.h>
@@ -61,7 +62,7 @@

   // Grafting polymers:
   if (vlist!=NULL){
      if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
      if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger than numbero f vertices on a vesicle.",310);}
   
      while(i<n_poly){
         gvtxi = rand() % vlist->n;
@@ -82,6 +83,7 @@

   if (vlist!=NULL){
   /* Make straight grafted poylmers normal to membrane (polymer brush). Dist. between poly vertices put to 1*/
      ts_int intpoly=vesicle->tape->internal_poly;
      for (i=0;i<poly_list->n;i++){
   
         xnorm=0.0;
@@ -93,6 +95,9 @@
            znorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->znorm;   
         }
         normlength=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
         if(intpoly && i%2){
            normlength=-normlength;
         }
         xnorm=xnorm/normlength;
         ynorm=ynorm/normlength;
         znorm=znorm/normlength;
@@ -151,9 +156,9 @@

ts_bool poly_free(ts_poly *poly){

   if (poly->grafted_vtx!=NULL){
      poly->grafted_vtx->grafted_poly=NULL;
   }
//   if (poly->grafted_vtx!=NULL){
//      poly->grafted_vtx->grafted_poly=NULL;
//   }
   vtx_list_free(poly->vlist);
   bond_list_free(poly->blist);
   free(poly);
@@ -163,8 +168,9 @@

ts_bool poly_list_free(ts_poly_list *poly_list){
   ts_uint i;

   //fprintf(stderr,"no. of polys=%d\n", poly_list->n);
   for(i=0;i<poly_list->n;i++){
   //   fprintf(stderr,"%d poly address in mem=%ld\n",i+1,(long)&(poly_list->poly[i]));
      poly_free(poly_list->poly[i]);
   }
   free(poly_list->poly);
@@ -172,3 +178,42 @@
   
   return TS_SUCCESS;
}


ts_poly *remove_poly_with_index(ts_poly_list *poly_list, ts_uint idx){
   ts_uint i;
   ts_poly *removed_poly=poly_list->poly[idx];

   poly_list->n--; //decrease the total number of polymeres
   for(i=idx;i<poly_list->n;i++){ //move the rest of the polymeres up.
      poly_list->poly[i]=poly_list->poly[i+1];
//      poly_list->poly[idx]->idx=idx;
   }
	
   return removed_poly;
}


ts_bool remove_random_polymeres(ts_poly_list *poly_list, ts_uint number){

   ts_uint i, idx;
   ts_poly *poly;

   ts_poly **new_poly_array;
   if(number>poly_list->n) fatal("The number of polymeres to be removed from the list is greater than the number of total polymeres in the list",999);
   for(i=number;i>0;i--){
      idx=rand() % poly_list->n;
      poly=remove_poly_with_index(poly_list, idx);
      poly_free(poly);
   }
   printf("Addr before %ld\n", (long)poly_list->poly);
   new_poly_array=(ts_poly **)calloc(poly_list->n,sizeof(ts_poly *));
   for(i=0;i<poly_list->n;i++){
      new_poly_array[i]=poly_list->poly[i];
   }
   free(poly_list->poly);
   poly_list->poly=new_poly_array;
   printf("Addr after %ld\n", (long)poly_list->poly);
   return TS_SUCCESS;
}