Clustering?

root

2016-07-03 35efb0f73e86dc197cda350d2128ea25c9d06128

 src/frame.c

@@ -1,9 +1,13 @@
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include "cell.h"
#include "frame.h"


#include "triangle.h"
ts_bool centermass(ts_vesicle *vesicle){
    ts_uint i, n=vesicle->vlist->n;
    ts_uint i,j, n=vesicle->vlist->n;
    ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx;
    vesicle->cm[0]=0;
    vesicle->cm[1]=0;
@@ -22,21 +26,41 @@
        vtx[i]->y-=vesicle->cm[1];
        vtx[i]->z-=vesicle->cm[2]; 
    } 
//move polymers for the same vector as we moved vesicle
   for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
      for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
         vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
         vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y-=vesicle->cm[1];
         vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
      }
    }
//move filaments for the same vector as we moved vesicle
   for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
      for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
         vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x-=vesicle->cm[0];
         vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y-=vesicle->cm[1];
         vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z-=vesicle->cm[2];
      }
    }
//move nucleus for the same vector as we moved vesicle
   vesicle->nucleus_center[0]-=vesicle->cm[0];
   vesicle->nucleus_center[1]-=vesicle->cm[1];
   vesicle->nucleus_center[2]-=vesicle->cm[2];

    vesicle->cm[0]=0;
    vesicle->cm[1]=0;
    vesicle->cm[2]=0;
    vesicle->cm[0]=0.0;
    vesicle->cm[1]=0.0;
    vesicle->cm[2]=0.0;

    for(i=0;i<vesicle->tlist->n;i++){
        triangle_normal_vector(vesicle->tlist->tria[i]);
    }


    return TS_SUCCESS;
}

ts_bool cell_occupation(ts_vesicle *vesicle){
    ts_uint i,cellidx, n=vesicle->vlist->n;
    ts_double shift;
    ts_double dcell;
    shift=(ts_double) vesicle->clist->ncmax[0]/2;
    dcell=1.0/(1.0 + vesicle->stepsize);
    //`fprintf(stderr, "Bil sem tu\n"); 
    ts_uint i,j,cellidx, n=vesicle->vlist->n;

    cell_list_cell_occupation_clear(vesicle->clist);
    for(i=0;i<n;i++){
@@ -45,10 +69,23 @@
//    vesicle->vlist->vtx[i]->cell=vesicle->clist->cell[cellidx];

    cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->vlist->vtx[i]);

    }
    //fprintf(stderr, "Bil sem tu\n"); 
   if(dcell);
   if(shift);

//Add all polymers to cells
    for(i=0;i<vesicle->poly_list->n;i++){
   for(j=0;j<vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
       cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
       cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
   }
    }
//Add all filaments to cells
     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
   for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
       cellidx=vertex_self_avoidance(vesicle, vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
       cell_add_vertex(vesicle->clist->cell[cellidx],vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j]);
   }
    }
   

    return TS_SUCCESS;
}