Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2021-07-27 3197854e89eb9ffe5ff3137e274d16806c2028a5
src/tape
@@ -14,7 +14,7 @@
# (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
pswitch = 0
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=10.0
pressure=10000.0
#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
constvolswitch=0
@@ -23,15 +23,20 @@
#Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
constareaswitch=0
#Stretching
stretchswitch=0
xkA0=1.0
####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
nmono=20
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
#set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
internal_poly=1
internal_poly=0
####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
@@ -48,15 +53,15 @@
R_nucleusY=0
R_nucleusZ=0
#######  Cell definitions ############
nxmax=60
nymax=60
nzmax=60
nxmax=150
nymax=150
nzmax=150
####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
#200000
mcsweeps=2000
mcsweeps=200
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=0
@@ -87,7 +92,7 @@
#number of vertices with spontaneous curvature (integer)
number_of_vertices_with_c0=100
number_of_vertices_with_c0=0
#c0/2 is spontaneous curvature. c0 is used as (c1+c1-c0)^2 in energy term (float)
c0=0.5
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
@@ -98,8 +103,8 @@
#plane confinement
plane_confinement_switch=1
plane_confinement_switch=0
#final plane distance (float in lmin)
plane_d=15
plane_d=10
#plane to vesicle repulsion force while closing
plane_F=1000
plane_F=10