Found one bug in the code when calculating mprod. Fixed.

Samo Penic

2021-07-27 3197854e89eb9ffe5ff3137e274d16806c2028a5

 src/energy.c

@@ -166,9 +166,9 @@
   }
*/
    for(jj=0;jj<vtx->neigh_no;jj++){
   edge_vector_x[jj]=vtx->neigh[jj]->x-vtx->x;
   edge_vector_y[jj]=vtx->neigh[jj]->y-vtx->y;
   edge_vector_z[jj]=vtx->neigh[jj]->z-vtx->z;
   edge_vector_x[jj]=(vtx->neigh[jj]->x-vtx->x);
   edge_vector_y[jj]=(vtx->neigh[jj]->y-vtx->y);
   edge_vector_z[jj]=(vtx->neigh[jj]->z-vtx->z);

   //Here we calculate normalized edge vector

@@ -239,10 +239,9 @@
   edge_binormal_z[jj]=(edge_normal_x[jj]*edge_vector_y[jj])-(edge_normal_y[jj]*edge_vector_x[jj]);


   //mprod[jj]=it->x*(k->y*edge_vector_z[jj]-edge_vector_y[jj]*k->z)-it->y*(k->x*edge_vector_z[jj]-k->z*edge_vector_x[jj])+it->z*(k->x*edge_vector_y[jj]-k->y*edge_vector_x[jj]);
   mprod[jj]=lm->xnorm*(lp->ynorm*edge_vector_z[jj]-lp->znorm*edge_vector_y[jj]) - lm->ynorm*(lp->xnorm*edge_vector_z[jj]-lp->znorm*edge_vector_z[jj])+ lm->znorm*(lp->xnorm*edge_vector_y[jj]-lp->ynorm*edge_vector_x[jj]);
   mprod[jj]=lm->xnorm*(lp->ynorm*edge_vector_z[jj]-lp->znorm*edge_vector_y[jj]) - lm->ynorm*(lp->xnorm*edge_vector_z[jj]-lp->znorm*edge_vector_x[jj])+ lm->znorm*(lp->xnorm*edge_vector_y[jj]-lp->ynorm*edge_vector_x[jj]);

   phi[jj]=copysign(acos(lm->xnorm*lp->xnorm+lm->ynorm*lp->ynorm+lm->znorm*lp->znorm-1e-10),-mprod[jj])+M_PI;
   phi[jj]=-copysign(acos(lm->xnorm*lp->xnorm+lm->ynorm*lp->ynorm+lm->znorm*lp->znorm),mprod[jj])+M_PI;
/*   if(vtx->idx==0){
      printf("Angle PHI vertex %d (angle %d): %f\n",vtx->idx,jj,phi[jj]);
   }
@@ -307,12 +306,13 @@
   eigenval[2]= gsl_vector_get(Sv_eigen, 2);

   qsort(eigenval, 3, sizeof(ts_double), cmpfunc);
   if(vtx->idx==1){

/*   if(vtx->idx==1){
   printf("Eigenvalues: %f, %f, %f\n", eigenval[0], eigenval[1], eigenval[2] );
   exit(0);
   }

   vtx->energy=(pow(eigenval[0]+eigenval[1],2))*Av;
*/
   vtx->energy=0.5*(eigenval[0]+eigenval[1])*(eigenval[0]+eigenval[1])*Av;

   gsl_matrix_free(gsl_Sv);
   gsl_vector_free(Sv_eigen);