Code for incremental adding of inclusions done

Samo Penic

2020-04-26 3006183b769f2e126b1a96e6bf697c2b7f657df7

 src/tape

@@ -1,12 +1,12 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=7
nshell=10
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
dmin_interspecies=1.2
# bending rigidity of the membrane (in units kT)
xk0=10.0
xk0=20.0
# max step size (in units l_min)
stepsize=0.15

@@ -30,9 +30,9 @@

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=10
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=20
nmono=0
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
#set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
@@ -61,13 +61,13 @@
####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
#200000
mcsweeps=200
mcsweeps=2000
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
#10000
iterations=10
iterations=100


###### Spherical harmonics ###########
@@ -92,13 +92,13 @@


#number of vertices with spontaneous curvature (integer)
number_of_vertices_with_c0=0
number_of_vertices_with_c0=400
#c0/2 is spontaneous curvature. c0 is used as (c1+c1-c0)^2 in energy term (float)
c0=0.5
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
w=10.0
#direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
F=2.0
F=0.0