backuping vtxes complete. debugging bondflip

Samo Penic

2014-03-08 2870ab279d5dce60c24e7a3e35d8a5e421003548

 src/bondflip.c

@@ -11,6 +11,7 @@
#include "bondflip.h"
//#include "io.h"
#include<stdio.h>
#include<string.h>

ts_bool single_bondflip_timestep(ts_vesicle *vesicle, ts_bond *bond, ts_double *rn){
/*c  Vertex and triangle (lm and lp) indexing for bond flip:
@@ -29,7 +30,7 @@
    ts_vertex *k=bond->vtx2;
    ts_uint nei,neip,neim;
    ts_uint i,j;
    ts_double oldenergy, delta_energy;
    ts_double oldenergy, delta_energy, dvol=0.0;
    ts_triangle *lm=NULL,*lp=NULL, *lp1=NULL, *lm2=NULL;

    ts_vertex *kp,*km;
@@ -113,19 +114,56 @@
    }

if(lm2==NULL || lp1==NULL) fatal("ts_flip_bond: Cannot find triangles lm2 and lp1!",999);
 //   fprintf(stderr,"I WAS HERE! Before bondflip!\n");
 //   fprintf(stderr,"%e, %e, %e\n", lm->xnorm, lm->ynorm, lm->znorm);
	
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond,lm, lp, lm2, lp1);
//    fprintf(stderr,"I WAS HERE! Bondflip successful!\n");


/* backup old structure */
/* need to backup:
 * vertices k, kp, km, it
 * triangles lm, lp, lm2, lp1
 * bond
 */
ts_vertex *bck_vtx[4];
ts_triangle *bck_tria[4];
ts_bond *bck_bond;
ts_vertex *orig_vtx[]={k,it,kp,km};
ts_triangle *orig_tria[]={lm,lp, lm2,lp1};

fprintf(stderr,"Backuping!!!\n");
for(i=0;i<4;i++){
   bck_vtx[i]=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));
   bck_tria[i]=(ts_triangle *)malloc(sizeof(ts_triangle));
   bck_bond=(ts_bond *)malloc(sizeof(ts_bond));
   /* level 2 pointers */
   bck_vtx[i]->neigh=(ts_vertex **)malloc(orig_vtx[i]->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
   bck_vtx[i]->tristar=(ts_triangle **)malloc(orig_vtx[i]->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
   bck_vtx[i]->bond=(ts_bond **)malloc(orig_vtx[i]->bond_no*sizeof(ts_bond *));
   bck_tria[i]->neigh=(ts_triangle **)malloc(orig_tria[i]->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));

   bck_vtx[i]=memcpy(bck_vtx[i],orig_vtx[i],sizeof(ts_vertex));
   bck_vtx[i]->neigh=memcpy(bck_vtx[i]->neigh,orig_vtx[i]->neigh,orig_vtx[i]->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
   bck_vtx[i]->tristar=memcpy(bck_vtx[i]->tristar,orig_vtx[i]->tristar,orig_vtx[i]->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
   bck_vtx[i]->bond=memcpy(bck_vtx[i]->bond,orig_vtx[i]->bond,orig_vtx[i]->bond_no*sizeof(ts_bond *));

		
   bck_tria[i]=memcpy(bck_tria[i],orig_tria[i],sizeof(ts_triangle));
   bck_tria[i]->neigh=memcpy(bck_tria[i]->neigh,orig_tria[i]->neigh,orig_tria[i]->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));	
}
   bck_bond=memcpy(bck_bond,bond,sizeof(ts_bond));
fprintf(stderr,"Backup complete!!!\n");
/* end backup vertex */
	
/* Save old energy */
  oldenergy=0;
  oldenergy+=k->xk* k->energy;
  oldenergy+=kp->xk* kp->energy;
  oldenergy+=km->xk* km->energy;
  oldenergy+=it->xk* it->energy;
   //Neigbours don't change its energy.
  //Neigbours of k, it, km, kp don't change its energy.

   if(vesicle->pswitch == 1){dvol = -lm->volume - lp->volume;}

/* fix data structure for flipped bond */
    ts_flip_bond(k,it,km,kp, bond,lm, lp, lm2, lp1);


/* Calculating the new energy */
@@ -134,9 +172,14 @@
  delta_energy+=kp->xk* kp->energy;
  delta_energy+=km->xk* km->energy;
  delta_energy+=it->xk* it->energy;
   //Neigbours don't change its energy.
  //Neigbours of k, it, km, kp don't change its energy.

  delta_energy-=oldenergy;
 // fprintf(stderr,"I WAS HERE! Got energy!\n");
   if(vesicle->pswitch == 1){
      dvol = dvol + lm->volume + lp->volume;
      delta_energy-= vesicle->pressure*dvol;
   }

/* MONTE CARLO */
    if(delta_energy>=0){
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
@@ -152,13 +195,52 @@
            //not accepted, reverting changes
//            fprintf(stderr,"Failed to move, due to MC\n");

            ts_flip_bond(kp,km,k,it, bond, lm,lp,lm2,lp1);
      //      ts_flip_bond(kp,km,k,it, bond, lm,lp,lm2,lp1);
//    fprintf(stderr,"%e, %e, %e\n", lp->xnorm, lp->ynorm, lp->znorm);

   //restore all backups
            fprintf(stderr,"Restoring!!!\n");

for(i=0;i<4;i++){
   /* level 2 pointers */
   orig_vtx[i]=memcpy(orig_vtx[i],bck_vtx[i],sizeof(ts_vertex));
   orig_vtx[i]->neigh=memcpy(orig_vtx[i]->neigh,bck_vtx[i]->neigh,bck_vtx[i]->neigh_no*sizeof(ts_vertex *));
   orig_vtx[i]->tristar=memcpy(orig_vtx[i]->tristar,bck_vtx[i]->tristar,bck_vtx[i]->tristar_no*sizeof(ts_triangle *));
   orig_vtx[i]->bond=memcpy(orig_vtx[i]->bond,bck_vtx[i]->bond,bck_vtx[i]->bond_no*sizeof(ts_bond *));

		
   orig_tria[i]=memcpy(orig_tria[i],bck_tria[i],sizeof(ts_triangle));
   orig_tria[i]->neigh=memcpy(orig_tria[i]->neigh,bck_tria[i]->neigh,bck_tria[i]->neigh_no*sizeof(ts_triangle *));	
}
   bond=memcpy(bond,bck_bond,sizeof(ts_bond));


   for(i=0;i<4;i++){
      vtx_free(bck_vtx[i]);

    free(bck_tria[i]->neigh);
        free(bck_tria[i]);
		
   }
      free(bck_bond);

            fprintf(stderr,"Restoration complete!!!\n");

            return TS_FAIL;
        }
    }
     /* IF BONDFLIP ACCEPTED, THEN RETURN SUCCESS! */
//            fprintf(stderr,"SUCCESS!!!\n");
            fprintf(stderr,"SUCCESS!!!\n");

   // delete all backups
   for(i=0;i<4;i++){
      vtx_free(bck_vtx[i]);

    free(bck_tria[i]->neigh);
        free(bck_tria[i]);
		
   }
      free(bck_bond);
    return TS_SUCCESS;
}