Command line parameters parsing works. Also, filenames and directories are ...

Samo Penic

2014-09-11 267db570e1ff394eca2f26ace11188e3b113577e

 src/sh.c

@@ -2,14 +2,15 @@
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include "sh.h"

#include "io.h"
#include <string.h>


ts_spharm *sph_init(ts_vertex_list *vlist, ts_uint l){
    ts_uint j,i;
    ts_spharm *sph=(ts_spharm *)malloc(sizeof(ts_spharm));

    
    sph->N=0;
    /* lets initialize Ylm for each vertex. */
    sph->Ylmi=(ts_double ***)calloc(l,sizeof(ts_double **));
    for(i=0;i<l;i++){
@@ -25,6 +26,11 @@
        sph->ulm[j]=(ts_double *)calloc(2*j+1,sizeof(ts_double));
    }

    /* lets initialize sum of Ulm2 */
    sph->sumUlm2=(ts_double **)calloc(l,sizeof(ts_double *));
    for(j=0;j<l;j++){
        sph->sumUlm2[j]=(ts_double *)calloc(2*j+1,sizeof(ts_double));
    }

    /* lets initialize co */
//NOTE: C is has zero based indexing. Code is imported from fortran and to comply with original indexes we actually generate one index more. Also second dimension is 2*j+2 instead of 2*j+2. elements starting with 0 are useles and should be ignored!
@@ -44,8 +50,10 @@

ts_bool sph_free(ts_spharm *sph){
    int i,j;
    if(sph==NULL) return TS_FAIL;
    for(i=0;i<sph->l;i++){
        if(sph->ulm[i]!=NULL) free(sph->ulm[i]);
        if(sph->sumUlm2[i]!=NULL) free(sph->sumUlm2[i]);
        if(sph->co[i]!=NULL) free(sph->co[i]);
    }
        if(sph->co[sph->l]!=NULL) free(sph->co[sph->l]);
@@ -183,7 +191,7 @@
      K=-sqrt(1.0/(M_PI))*cos(m*fi);
   }
   
   return K*sqrt((2.0*l+1.0)/2.0*fac1/fac2)*plgndr(l,abs(m),cos(theta));	
   return K*sqrt((2.0*l+1.0)/2.0*(ts_double)(fac1/fac2))*plgndr(l,abs(m),cos(theta));	
}


@@ -194,7 +202,7 @@
#ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
    coord->e1=sqrt(x*x+y*y+z*z);
    if(z==0) coord->e3=M_PI/2.0;
    else coord->e3=atan(sqrt(x*x+y*y)/z);
    else coord->e3=atan2(sqrt(x*x+y*y),z);
    coord->e2=atan2(y,x);
#endif
#ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
@@ -212,6 +220,23 @@

    return TS_SUCCESS;
}


ts_bool sph2cart(ts_coord *coord){
    coord->coord_type=TS_COORD_CARTESIAN;
    ts_double x,y,z;

    x=coord->e1*cos(coord->e2)*sin(coord->e3);
    y=coord->e1*sin(coord->e2)*sin(coord->e3);
    z=coord->e1*cos(coord->e3);

    coord->e1=x;
    coord->e2=y;
    coord->e3=z;

    return TS_SUCCESS;
}


/* Function returns radius of the sphere with the same volume as vesicle (r0) */
ts_double getR0(ts_vesicle *vesicle){
@@ -232,6 +257,7 @@
ts_bool preparationSh(ts_vesicle *vesicle, ts_double r0){
//TODO: before calling or during the call calculate area of each triangle! Can
//be also done after vertexmove and bondflip //
//DONE: in energy calculation! //
    ts_uint i,j;
    ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx;
    ts_vertex *cvtx;
@@ -336,7 +362,7 @@
    ts_uint i,j,k;
    ts_vertex *cvtx;
    for(i=0;i<vesicle->sphHarmonics->l;i++){
        for(j=0;j<2*i;j++) vesicle->sphHarmonics->ulm[i][j]=0.0;
        for(j=0;j<2*i+1;j++) vesicle->sphHarmonics->ulm[i][j]=0.0;
    }

//TODO: call calculateYlmi !!!
@@ -354,3 +380,48 @@

    return TS_SUCCESS;
}





ts_bool storeUlm2(ts_vesicle *vesicle){

ts_spharm *sph=vesicle->sphHarmonics;
ts_int i,j;
for(i=0;i<sph->l;i++){
    for(j=0;j<2*i+1;j++){
   /* DEBUG fprintf(stderr,"sph->sumUlm2[%d][%d]=%e\n",i,j,sph->ulm[i][j]* sph->ulm[i][j]); */
        sph->sumUlm2[i][j]+=sph->ulm[i][j]* sph->ulm[i][j];
    }
}
   sph->N++;
return TS_SUCCESS;
}


ts_bool saveAvgUlm2(ts_vesicle *vesicle){

   FILE *fh;
    char filename[10000];
    strcpy(filename, command_line_args.path);
    strcat(filename, "sph2out.dat");
   fh=fopen(filename, "w");
   if(fh==NULL){
      err("Cannot open file %s for writing");
      return TS_FAIL;
   }

   ts_spharm *sph=vesicle->sphHarmonics;
   ts_int i,j;
   fprintf(fh,"l,\tm,\tulm^2avg\n");
   for(i=0;i<sph->l;i++){
          for(j=0;j<2*i+1;j++){
      fprintf(fh,"%d,\t%d,\t%e\n", i, j-i, sph->sumUlm2[i][j]/(ts_double)sph->N);

          }
    fprintf(fh,"\n");
   }
   fclose(fh);
   return TS_SUCCESS;
}