Make changes in memory allocation. Memory reservation is done, but pointers...

Samo Penic

2014-02-11 23d807748be58e5178c04304d9cc788bf122eb12

 src/timestep.c

@@ -6,11 +6,31 @@
#include "timestep.h"
#include "vertexmove.h"
#include "bondflip.h"
#include "frame.h"
#include "io.h"
ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations){
   ts_uint i, j;

   centermass(vesicle);
   cell_occupation(vesicle);
   ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
   for(i=0;i<inititer+iterations;i++){
      for(j=0;j<mcsweeps;j++){
         single_timestep(vesicle);
      }
      centermass(vesicle);
      cell_occupation(vesicle);
      if(i>inititer){
         write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer);
      }
   }
   return TS_SUCCESS;
}

ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle){
    ts_bool retval;
    ts_double rnvec[3];
    ts_uint i;
    ts_uint i, b;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
        rnvec[0]=drand48();
        rnvec[1]=drand48();
@@ -18,15 +38,20 @@
        retval=single_verticle_timestep(vesicle,vesicle->vlist->vtx[i],rnvec);
    }

    for(i=0;i<vesicle->blist->n;i++){
        rnvec[0]=drand48();
//   ts_int cnt=0;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
//why is rnvec needed in bondflip?
/*        rnvec[0]=drand48();
        rnvec[1]=drand48();
        rnvec[2]=drand48();
*/ 
   b=rand() % vesicle->blist->n;
        //find a bond and return a pointer to a bond...
        //call single_bondflip_timestep...
        retval=single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[i],rnvec);
        
        retval=single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[b],rnvec);
//   if(retval==TS_SUCCESS) cnt++;        
    } 
//   printf("Bondflip success rate in one sweep: %d/%d=%e\n", cnt,vesicle->blist->n,(double)cnt/(double)vesicle->blist->n);
   if(retval);
    return TS_SUCCESS;
}