Make changes in memory allocation. Memory reservation is done, but pointers...

Samo Penic

2014-02-11 23d807748be58e5178c04304d9cc788bf122eb12

 src/general.h

@@ -110,12 +110,29 @@

/* STRUCTURES */


/** @brief Data structure for keeping the coordinates in selected coordinate
 * system
 */
#define TS_COORD_CARTESIAN 0
#define TS_COORD_SPHERICAL 1
#define TS_COORD_CYLINDRICAL 2

typedef struct {
    ts_double e1;
    ts_double e2;
    ts_double e3;
    ts_uint coord_type;
} ts_coord;



/** @brief Data structure of all data connected to a vertex
 *
 *  ts_vertex_data holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
 *  ts_vertex holds the data for one single point (bead, vertex). To understand how to use it
 *  here is a detailed description of the fields in the data structure. */
struct ts_vertex_data {
        ts_uint idx; /**< Represents index of the vertex point. Should become obsolete, since it is also present in ts_vertex structure. */        
struct ts_vertex {
        ts_uint idx;
        ts_double x; /**< The x coordinate of vertex. */
        ts_double y; /**< The y coordinate of vertex. */
        ts_double z; /**< The z coordinate of vertex. */
@@ -134,12 +151,9 @@
        ts_double xk;
        ts_double c;
        ts_uint id;
};
typedef struct ts_vertex_data ts_vertex_data;

struct ts_vertex {
        ts_uint idx;
        ts_vertex_data *data;
        ts_double projArea;
        ts_double relR;
        ts_double solAngle;
};
typedef struct ts_vertex ts_vertex;

@@ -149,18 +163,13 @@

} ts_vertex_list;


/** ts_bond_data is a structure that describes a bond */
typedef struct {
struct ts_bond {
    ts_uint idx;
   ts_vertex *vtx1;
   ts_vertex *vtx2;
    ts_double bond_length;
    ts_double bond_length_dual;
} ts_bond_data;

struct ts_bond {
    ts_uint idx;
    ts_bond_data *data;
   ts_bool tainted;
};
typedef struct ts_bond ts_bond;

@@ -178,6 +187,8 @@
   ts_double xnorm;
   ts_double ynorm;
   ts_double znorm;
    ts_double area; // firstly needed for sh.c
    ts_double volume; // firstly needed for sh.c
};
typedef struct ts_triangle ts_triangle;

@@ -187,14 +198,11 @@
};
typedef struct ts_triangle_list ts_triangle_list;

typedef struct ts_cell_data {
    ts_vertex **vertex;
    ts_uint nvertex;
} ts_cell_data;

typedef struct ts_cell {
    ts_uint idx;
    ts_cell_data *data;
    ts_vertex **vertex;
    ts_uint nvertex;
} ts_cell; 

typedef struct ts_cell_list{
@@ -208,6 +216,17 @@


typedef struct {
    ts_uint l;
    ts_double **ulm;
    ts_double **sumUlm2;
    ts_uint N;
    ts_double **co;
    ts_double ***Ylmi;
} ts_spharm;



typedef struct {
   ts_vertex_list *vlist;
   ts_bond_list *blist;
   ts_triangle_list *tlist;
@@ -217,14 +236,44 @@
    ts_double dmax;
    ts_double stepsize;
    ts_double cm[3];
    ts_double volume;
    ts_spharm *sphHarmonics;
} ts_vesicle;

typedef struct {
    ts_uint vertex_no;
    ts_uint ncmax[3];
    ts_vesicle *vesicle;
    ts_vertex_list *vlist;
    ts_bond_list *blist;
    ts_triangle_list *tlist;
    ts_cell_list *clist;
    ts_vertex **vtx_ptr;
    ts_vertex *vtx;
    ts_vertex *vtx_neighbours;
    ts_vertex **vtx_neighbours_ptr;
    ts_bond **vtx_neighbond;
    ts_triangle **tristar;
    ts_triangle **tria_ptr;
    ts_triangle *tria;
    ts_triangle **trianeigh;
    ts_bond **bond_ptr;
    ts_bond *bond;
    ts_cell **cell_ptr;
    ts_cell *cell;
    ts_vertex **cell_ocupancy;
 /*   ts_spharm *sphHarmonics; */
} ts_memory;

/* GLOBAL VARIABLES */

int quiet;


/* ERROR CODES */
#define TS_ERR_MEM_ALLOC 1


/* FUNCTIONS */

/** Non-fatal error function handler: