Gained 10% of time....

Samo Penic

2012-07-12 1ad6d1ed6bda8a11f0922c33445c6fb52c0ffa96

 src/vertexmove.c

@@ -11,6 +11,7 @@
//#include "io.h"
#include<stdio.h>
#include "vertexmove.h"
#include <string.h>

ts_bool single_verticle_timestep(ts_vesicle *vesicle,ts_vertex *vtx,ts_double
*rn){
@@ -18,10 +19,13 @@
    ts_double dist;
    ts_bool retval; 
    ts_uint cellidx; 
    ts_double xold,yold,zold;
    //ts_double xold,yold,zold;
    ts_double delta_energy,oenergy;
    ts_vertex *ovtx;
    ts_vertex *tvtx=(ts_vertex *)calloc(1,sizeof(ts_vertex));

   //This will hold all the information of vtx and its neighbours
   ts_vertex **backupvtx=(ts_vertex **)calloc(vtx->neigh_no+1,sizeof(ts_vertex *));

    //randomly we move the temporary vertex
   tvtx->x=vtx->x+vesicle->stepsize*(2.0*rn[0]-1.0);
@@ -45,11 +49,22 @@
//   fprintf(stderr,"Fail 2\n");
        return TS_FAIL;
    } 
    
   
 
    //if all the tests are successful, then we update the vertex position
    xold=vtx->x;
    yold=vtx->y;
    zold=vtx->z;
   backupvtx[0]=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));	
   backupvtx[0]=(ts_vertex *)memcpy((void *)backupvtx[0],(void *)vtx,sizeof(ts_vertex));

   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
   backupvtx[i+1]=(ts_vertex *)malloc(sizeof(ts_vertex));	
   backupvtx[i+1]=memcpy((void *)backupvtx[i+1],(void *)vtx->neigh[i],sizeof(ts_vertex));
   }
//   fprintf(stderr,"CREATED\n");
	

  //  xold=vtx->x;
  //  yold=vtx->y;
  //  zold=vtx->z;
    ovtx=malloc(sizeof(ts_vertex));
    vtx_copy(ovtx,vtx);
    vtx->x=tvtx->x;
@@ -82,19 +97,30 @@
#endif
    {
    //not accepted, reverting changes
    vtx->x=xold;
    vtx->y=yold;
    vtx->z=zold;
  //  vtx->x=xold;
  //  vtx->y=yold;
  //  vtx->z=zold;

   vtx=memcpy((void *)vtx,(void *)backupvtx[0],sizeof(ts_vertex));
   free(backupvtx[0]);
   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
   vtx->neigh[i]=memcpy((void *)vtx->neigh[i],(void *)backupvtx[i+1],sizeof(ts_vertex));
   free(backupvtx[i+1]);
   }
   free(backupvtx);
//   fprintf(stderr,"Reverted\n");
	
    //update the normals of triangles that share bead i.
    for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++) triangle_normal_vector(vtx->tristar[i]);
    //energy and curvature
    energy_vertex(vtx);
   // energy_vertex(vtx);
    //the same is done for neighbouring vertices
   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++) energy_vertex(vtx->neigh[i]);
   free(ovtx->bond_length);
//   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++) energy_vertex(vtx->neigh[i]);
//   free(ovtx->bond_length);
    free(ovtx->bond_length_dual);
    free(ovtx);
    vtx_free(tvtx);

    return TS_FAIL; 
    }
}
@@ -106,6 +132,12 @@
    free(ovtx->bond_length_dual);
    free(ovtx);
    vtx_free(tvtx);
   free(backupvtx[0]);
   for(i=0;i<vtx->neigh_no;i++){
   free(backupvtx[i+1]);
   }
   free(backupvtx);
//   fprintf(stderr,"Accepted\n");
    return TS_SUCCESS;
}