Just tape

mihaf

2014-05-13 0f9d229fb830435d92cfc73c85aa7771a420286c

 src/poly.c

@@ -6,6 +6,17 @@
#include<math.h>
#include"energy.h"

ts_bool poly_assign_filament_xi(ts_vesicle *vesicle, ts_tape *tape){
   ts_uint i;

   for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
    vesicle->filament_list->poly[i]->k = tape->xi;
       }
	
   return TS_SUCCESS;
}


ts_bool poly_assign_spring_const(ts_vesicle *vesicle){
   ts_uint i;

@@ -20,8 +31,10 @@
   ts_poly   *poly=(ts_poly *)calloc(1,sizeof(ts_poly));
   poly->vlist = init_vertex_list(n);
   poly->blist = init_bond_list();
   poly->grafted_vtx = grafted_vtx;
   grafted_vtx->grafted_poly = poly;
   if (grafted_vtx!=NULL){
      poly->grafted_vtx = grafted_vtx;
      grafted_vtx->grafted_poly = poly;
   }

   ts_uint i;
   for(i=0;i<n-1;i++){
@@ -38,50 +51,91 @@
}


ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist){
ts_poly_list *init_poly_list(ts_uint n_poly, ts_uint n_mono, ts_vertex_list *vlist, ts_vesicle *vesicle){
   ts_poly_list *poly_list=(ts_poly_list *)calloc(1,sizeof(ts_poly_list));
   poly_list->poly   = (ts_poly **)calloc(n_poly,sizeof(ts_poly *));
   ts_uint i=0,j=0, idx;
   ts_uint i=0,j=0; //idx;
   ts_uint gvtxi;
   ts_double xnorm,ynorm,znorm,normlength;
   ts_double dphi,dh;

   if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
   // Grafting polymers:
   if (vlist!=NULL){
      if (n_poly > vlist->n){fatal("Number of polymers larger then numbero f vertices on a vesicle.",310);}
   
   while(i<n_poly){
      gvtxi = rand() % vlist->n;
      if (vlist->vtx[gvtxi]->grafted_poly == NULL){
      poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
      i++;
      while(i<n_poly){
         gvtxi = rand() % vlist->n;
         if (vlist->vtx[gvtxi]->grafted_poly == NULL){
         poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, vlist->vtx[gvtxi]);
         i++;
         }
      }
   }
	
   else
   {
      for(i=0;i<n_poly;i++){
         poly_list->poly[i] = init_poly(n_mono, NULL);
      }
   }

   poly_list->n = n_poly;

/* Make straight poylmers normal to membrane. Dist. between poly vertices put to 1*/
   for (i=0;i<poly_list->n;i++){
   if (vlist!=NULL){
   /* Make straight grafted poylmers normal to membrane (polymer brush). Dist. between poly vertices put to 1*/
      for (i=0;i<poly_list->n;i++){
	
         xnorm=0.0;
         ynorm=0.0;
         znorm=0.0;
         for (j=0;j<poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar_no;j++){
            xnorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->xnorm;
            ynorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->ynorm;
            znorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->znorm;	
         }
         normlength=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
         xnorm=xnorm/normlength;
         ynorm=ynorm/normlength;
         znorm=znorm/normlength;

      xnorm=0.0;
      ynorm=0.0;
      znorm=0.0;
      for (j=0;j<poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar_no;j++){
         xnorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->xnorm;
         ynorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->ynorm;
         znorm-=poly_list->poly[i]->grafted_vtx->tristar[j]->znorm;	
         for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->x + xnorm*(ts_double)(j+1);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->y + ynorm*(ts_double)(j+1);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->z + znorm*(ts_double)(j+1);
         }
      }
      normlength=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
      xnorm=xnorm/normlength;
      ynorm=ynorm/normlength;
      znorm=znorm/normlength;
   }
   else
   {
   /* Make filaments inside the vesicle. Helix with radius... Dist. between poly vertices put to 1*/
   ts_double a,R,H,tantheta,h,r,phi,A0=1.2;

      for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
         poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->x + xnorm*(ts_double)(j+1);
         poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->y + ynorm*(ts_double)(j+1);
         poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = poly_list->poly[i]->grafted_vtx->z + znorm*(ts_double)(j+1);
      a = A0*(ts_double)vesicle->nshell;
      R = A0*((ts_double)vesicle->nshell)/(2.0*sin(M_PI/5.0));
      H = sqrt(a*a - R*R);
      tantheta = sqrt(R*R - a*a/4.0)/H;
		
      h = -H + sqrt(vesicle->clist->dmin_interspecies)*1.5;
      r = (H-fabs(h))*tantheta - sqrt(vesicle->clist->dmin_interspecies)*1.5;
      dphi = 2.0*asin(1.0/2.0/r)*1.001;
      dh = dphi/2.0/M_PI*1.001;
      phi=0.0;
      for(i=0;i<poly_list->n;i++){
         for (j=0;j<poly_list->poly[i]->vlist->n;j++){
            h = h + dh;
            r = (H-fabs(h))*tantheta - sqrt(vesicle->clist->dmin_interspecies)*1.5;
            dphi = 2.0*asin(1.0/2.0/r)*1.001;
            dh = dphi/2.0/M_PI*1.001;
            phi+=dphi;
            //ji = j + i*poly_list->poly[i]->vlist->n;
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->x = r*cos(phi);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->y = r*sin(phi);
            poly_list->poly[i]->vlist->vtx[j]->z = h;// ji*dh - (dh*poly_list->n*poly_list->poly[i]->vlist->n/2.0);
         }
      }
   }

      //index correction for polymeres. Important, since each vtx has to have unique id
   idx=vlist->n;
/*   idx=vlist->n;
   for(i=0;i<n_poly;i++){
      for(j=0;j<n_mono;j++,idx++){

@@ -89,7 +143,7 @@

      }
   }

*/

   return poly_list;
}