Moved all global variables to separate file and defined extern keyword wher...

Samo Penic

2022-05-04 06afc729f9061c1cfa14c78728d61d518324c2f0

 src/tape

@@ -1,6 +1,6 @@
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=17
nshell=7
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
@@ -25,18 +25,18 @@


#Stretching
stretchswitch=1
stretchswitch=0
xkA0=1.0

####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=0
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
nmono=0
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
#set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
internal_poly=1
internal_poly=0

####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
@@ -53,9 +53,9 @@
R_nucleusY=0
R_nucleusZ=0
#######  Cell definitions ############
nxmax=60
nymax=60
nzmax=60
nxmax=100
nymax=100
nzmax=100


####### Program Control ############
@@ -64,10 +64,10 @@
mcsweeps=200
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=1
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
#10000
iterations=100
iterations=10


###### Spherical harmonics ###########
@@ -92,10 +92,19 @@


#number of vertices with spontaneous curvature (integer)
number_of_vertices_with_c0=100
number_of_vertices_with_c0=200
#c0/2 is spontaneous curvature. c0 is used as (c1+c1-c0)^2 in energy term (float)
c0=0.5
c0=1.0
#energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
w=10.0
#direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
F=2.0



#plane confinement
plane_confinement_switch=0
#final plane distance (float in lmin)
plane_d=10
#plane to vesicle repulsion force while closing
plane_F=10