Merge branch 'nirgov' into HEAD

Samo Penic

2016-12-06 0634b97e436e480b203a22e1113c473d3ae4d281

 src/energy.c

@@ -185,3 +185,52 @@

    return TS_SUCCESS;
}



ts_bool sweep_attraction_bond_energy(ts_vesicle *vesicle){
   int i;
   for(i=0;i<vesicle->blist->n;i++){
      attraction_bond_energy(vesicle->blist->bond[i], vesicle->tape->w);
   }
   return TS_SUCCESS;
}


inline ts_bool attraction_bond_energy(ts_bond *bond, ts_double w){

   if(fabs(bond->vtx1->c)>1e-16 && fabs(bond->vtx2->c)>1e-16){
      bond->energy=-w;
   }
   else {
      bond->energy=0.0;
   }
   return TS_SUCCESS;
}

ts_double direct_force_energy(ts_vesicle *vesicle, ts_vertex *vtx, ts_vertex *vtx_old){
   if(fabs(vtx->c)<1e-15) return 0.0;
//   printf("was here");
   if(fabs(vesicle->tape->F)<1e-15) return 0.0;

   ts_double norml,ddp=0.0;
   ts_uint i;
   ts_double xnorm=0.0,ynorm=0.0,znorm=0.0;
   /*find normal of the vertex as sum of all the normals of the triangles surrounding it. */
   for(i=0;i<vtx->tristar_no;i++){
         xnorm+=vtx->tristar[i]->xnorm;
         ynorm+=vtx->tristar[i]->ynorm;
         znorm+=vtx->tristar[i]->znorm;
   }
   /*normalize*/
   norml=sqrt(xnorm*xnorm+ynorm*ynorm+znorm*znorm);
   xnorm/=norml;
   ynorm/=norml;
   znorm/=norml;
   /*calculate ddp, perpendicular displacement*/
   ddp=xnorm*(vtx->x-vtx_old->x)+ynorm*(vtx->y-vtx_old->y)+znorm*(vtx->z-vtx_old->z);
   /*calculate dE*/
//   printf("ddp=%e",ddp);
   return vesicle->tape->F*ddp;		
	
}