Added comments for spontaneous curvature in energy.c and tape

Samo Penic

2017-09-19 e6efc61995516174081e923004477e3ff0853515

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include<stdlib.h>
#include "general.h"
#include "cluster.h"
#include <math.h>
 
 
 
 
ts_cluster_list *init_cluster_list(){
    ts_cluster_list *cstlist=(ts_cluster_list *)malloc(sizeof(ts_cluster_list));
    cstlist->n=0;
    cstlist->cluster=NULL;
    return cstlist;
}
 
ts_cluster *new_cluster(ts_cluster_list *cstlist){
    
    cstlist->n++;
    cstlist->cluster=(ts_cluster **)realloc(cstlist->cluster,cstlist->n*sizeof(ts_cluster *));
    if(cstlist->cluster==NULL) fatal("Cannot reallocate memory for additional **ts_cluster.",100);
    cstlist->cluster[cstlist->n-1]=(ts_cluster *)calloc(1,sizeof(ts_cluster));
    if(cstlist->cluster[cstlist->n-1]==NULL) fatal("Cannot allocate memory for additional *ts_cluster.",100);
    return cstlist->cluster[cstlist->n-1];
}
 
ts_bool cluster_add_vertex(ts_cluster *cluster, ts_vertex *vtx){
    cluster->nvtx++;
    cluster->vtx=(ts_vertex **)realloc(cluster->vtx, cluster->nvtx*sizeof(ts_vertex *));
    cluster->vtx[cluster->nvtx-1]=vtx;
    vtx->cluster=cluster;
    return TS_SUCCESS;
}
 
ts_bool cluster_list_compact(ts_cluster_list *cstlist){
 
 
    ts_uint i,n=cstlist->n;
    
    for(i=0;i<cstlist->n;i++){
        if(cstlist->cluster[i]==NULL){
            if(i>=n) break;
            //printf("Have to do compacting n=%d\n ",n);
            do{
                n--;
            } while(cstlist->cluster[n]==NULL && n>i);
            cstlist->cluster[i]=cstlist->cluster[n];
            cstlist->cluster[n]=NULL;
            //printf("After compacting n=%d\n",n);
        }
    }
    cstlist->cluster=(ts_cluster **)realloc(cstlist->cluster,n*sizeof(ts_cluster *));
    cstlist->n=n;
    return TS_SUCCESS;
}
 
 
ts_bool cluster_join(ts_cluster_list *cstlist, ts_cluster *cluster1, ts_cluster *cluster2){
    ts_cluster *master_cluster,*slave_cluster;
    ts_uint i;
    if(cluster1->idx<cluster2->idx){
        master_cluster=cluster1;
        slave_cluster=cluster2;
    } else {
        master_cluster=cluster2;
        slave_cluster=cluster1;
    }
    for(i=0;i<slave_cluster->nvtx;i++){
        cluster_add_vertex(master_cluster,slave_cluster->vtx[i]);
    }
    //find cluster in the list and free the location of the cluster
    for(i=0;i<cstlist->n;i++){
        if(cstlist->cluster[i]==slave_cluster){
            cluster_free(slave_cluster);
            cstlist->cluster[i]=NULL;
        }
    }
    return TS_SUCCESS;
}
 
ts_bool cluster_free(ts_cluster *cluster){
    if(cluster!=NULL){
        if(cluster->vtx!=NULL)
            free(cluster->vtx);
        free(cluster);
    }
    return TS_SUCCESS;
}
 
ts_bool cluster_list_free(ts_cluster_list *cstlist){
    ts_uint i;
    if(cstlist!=NULL){
        for(i=0;i<cstlist->n;i++){
            cluster_free(cstlist->cluster[i]);
        }
        free(cstlist->cluster);
        free(cstlist);
    }
    return TS_SUCCESS;
}
 
 
/* This is a stub function. User should check whether the vertex is clustering or not. */
ts_bool is_clusterable(ts_vertex *vtx){
    if(fabs(vtx->c)>1e-6){
        return 1;
    }
    else {
        return 0;
    }
}
 
 
ts_cluster *cluster_vertex_neighbor(ts_vertex *vtx){
    int j;
    for(j=0;j<vtx->neigh_no;j++){
        if(vtx->neigh[j]->cluster!=NULL)
            return vtx->neigh[j]->cluster;
    }
    return NULL;
}
 
ts_bool cluster_vertex_neighbor_check(ts_cluster_list *cstlist, ts_vertex *vtx){
 
    int j;
    for(j=0;j<vtx->neigh_no;j++){
        if(vtx->neigh[j]->cluster!=NULL){
            if(vtx->neigh[j]->cluster!=vtx->cluster){
                cluster_join(cstlist, vtx->cluster, vtx->neigh[j]->cluster);
            }
        }
    }
    return TS_SUCCESS;
}
 
 
ts_bool clusterize_vesicle(ts_vesicle *vesicle, ts_cluster_list *cstlist){
 
    int i;
    ts_vertex *vtx;
    ts_cluster *cst;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
    //for each vertex
        vtx=vesicle->vlist->vtx[i];
        if(is_clusterable(vtx)){
            if(vtx->cluster==NULL){
                //find first neigbor with cluster index
                cst=cluster_vertex_neighbor(vtx);
                if(cst==NULL){
                    //no clusters are around us, vo we are probably lonely vertex or no surronding vertex has been mapped yet.
                    cst=new_cluster(cstlist);
                    cluster_add_vertex(cst,vtx);
                } else {
                    //we are added to the first cluster found
                    cluster_add_vertex(cst,vtx);
                    cluster_vertex_neighbor_check(cstlist, vtx);
                    cluster_list_compact(cstlist);
                }
 
            }
        }
    }
 
 
    return TS_SUCCESS;
}