Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2016-03-15 6e42ef0edaba59fd344e89ffd469202ff2bd39ac
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####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=5
# dmax is the max. bond length (in units l_min)
dmax=1.7
# dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
dmin_interspecies=1.2
# bending rigidity of the membrane (in units kT)
xk0=10.0
# max step size (in units l_min)
stepsize=0.15
 
# Pressure calculations
# (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
pswitch = 0
# pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
pressure=0.0
 
#Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
constvolswitch=2
constvolprecision=1e-14
 
#Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
constareaswitch=2
 
####### Polymer (brush) definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=2
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
 
####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
# nfil is a number of filaments inside the vesicle
nfil=0
# nfono is a number of monomers in each filament
nfono=300
# Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
xi=0
 
####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
# Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
R_nucleus=0
 
#######  Cell definitions ############
nxmax=60
nymax=60
nzmax=60
 
 
####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
#200000
mcsweeps=20
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
#2
inititer=0
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
#10000
iterations=100
 
 
###### Spherical harmonics ###########
# If 0 then spherical harmonics are not calculated at all.
spherical_harmonics_coefficients=21
 
#shut up if we are using cluster!!!
quiet=false
 
#what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
#currently only none makes sense.
multiprocessing=none
#how many cores are allowed to process in SMP?
smp_cores=2
#how many nodes in cluster?
cluster_nodes=50
#max number of processes in distributed (voluntary) environment
distributed_processes=50
#cuda options???