Fixes in a0 calculation and calculation of stretching energy in vertexmove

Samo Penic

2018-05-21 699ac44864e75549fb3d238d36f0bc1dd645ddac

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
/* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
#include <stdio.h>
#include <time.h>
//#include <gsl/gsl_math.h>
//#include <gsl/gsl_blas.h>
#include <gsl/gsl_vector.h>
#include <gsl/gsl_matrix.h>
#include <gsl/gsl_eigen.h>
#include <gsl/gsl_sort_vector.h>
#include "general.h"
 
void gyration_eigen(ts_vesicle *vesicle, ts_double *l1, ts_double *l2, ts_double *l3){
    gsl_matrix *matrix = gsl_matrix_alloc(3,3);
    gsl_vector *eig = gsl_vector_alloc(3);
    gsl_eigen_symm_workspace *workspace = gsl_eigen_symm_alloc(3);
    ts_uint i,j,k;
    ts_double mat[3][3];
    ts_double vec[3];
 
    for(i = 0; i < 3; i++)
            for(j = 0; j < 3; j++)
                    mat[i][j]=0;
 
    for(k=0;k<vesicle->vlist->n;k++){
        vec[0]=vesicle->vlist->vtx[k]->x;
        vec[1]=vesicle->vlist->vtx[k]->y;
        vec[2]=vesicle->vlist->vtx[k]->z;
        for(i = 0; i < 3; i++)
                for(j = 0; j <= i; j++)
                mat[i][j]+=vec[i]*vec[j];
    }
 
// Normalize gyration tensor:
    for(i = 0; i < 3; i++)
            for(j = 0; j <= i; j++)
            mat[i][j]=mat[i][j]/(ts_double)vesicle->vlist->n;
 
 
// diagonal elements are copied twice!    
    for(i = 0; i < 3; i++)
            for(j = 0; j <= i; j++){
                    gsl_matrix_set(matrix,i,j,mat[i][j]);
                    gsl_matrix_set(matrix,j,i,mat[i][j]);
    }
/*
for(i = 0; i < 3; i++)
    {
        for(j = 0; j < 3; j++)
            printf("%g ", gsl_matrix_get(matrix, i, j));
        printf("\n");
    }
    printf("\n");
*/
    gsl_eigen_symm(matrix, eig, workspace);
    gsl_sort_vector(eig);
/* printf("** eigenvalues    \n");
    for(i = 0; i < 3; i++){
        printf("%3d %25.17e\n", i, gsl_vector_get(eig, i));
} */
    *l1=gsl_vector_get(eig,0);
    *l2=gsl_vector_get(eig,1);
    *l3=gsl_vector_get(eig,2);
 
    gsl_eigen_symm_free(workspace);
    gsl_matrix_free(matrix);
    gsl_vector_free(eig);
}
 
ts_ulong get_epoch(){
    time_t currTime;
    currTime = time(NULL);
    return (ts_ulong)currTime;
}
 
ts_bool get_area_volume(ts_vesicle *vesicle, ts_double *area, ts_double *volume){
    ts_uint i;
    *volume=0.0;
    *area=0.0;
    for(i=0;i<vesicle->tlist->n;i++){
        *volume+=vesicle->tlist->tria[i]->volume;
        *area+=vesicle->tlist->tria[i]->area;
    }
    return TS_SUCCESS;
}