Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2014-03-06 6705af6d3d02e47a797c53146666a1d168e1aefc
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
####### Vesicle definitions ###########
# nshell is a number of divisions of dipyramid
nshell=17
# dmax is the max. bond length 
dmax=1.7
# bending rigidity of the membrane 
xk0=25.0
# max step size 
stepsize=0.15
 
####### Polymer definitions ###########
# npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
npoly=2
# nmono is a number of monomers in each polymer
nmono=10
# Spring constant between monomers of the polymer
k_spring=800
 
#######  Cell definitions ############
nxmax=60
nymax=60
nzmax=60
 
 
####### Program Control ############
#how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
mcsweeps=5000
#how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
inititer=1
#how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
iterations=10000
 
 
#shut up if we are using cluster!!!
quiet=false
 
#what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
#currently only none makes sense.
multiprocessing=none
#how many cores are allowed to process in SMP?
smp_cores=2
#how many nodes in cluster?
cluster_nodes=50
#max number of processes in distributed (voluntary) environment
distributed_processes=50
#cuda options???