Merged with bondflip debug branch

Samo Penic

2012-07-10 23b0edbc039c47c7b39288c8e16a72c968cfe3b3

1
Original written by Dan Kroll in FORTRAN. Code was then largely adapted and commented by Miha Fosnaric-Fosni. Rewritten into C by Samo Penic-Peni, with help of Miha's extensive explanations.