Structures for grafted polymers (Samo&Miha)

mihaf

2013-11-29 1d5dff5a3576a028f691608ef9369844efdfe82b

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
#include<stdlib.h>
#include<stdio.h>
#include<math.h>
//#include "io.h"
#include "general.h"
#include "timestep.h"
#include "vertexmove.h"
#include "bondflip.h"
#include "frame.h"
#include "io.h"
ts_bool run_simulation(ts_vesicle *vesicle, ts_uint mcsweeps, ts_uint inititer, ts_uint iterations){
    ts_uint i, j;
 
    centermass(vesicle);
    cell_occupation(vesicle);
    ts_fprintf(stdout, "Starting simulation (first %d x %d MC sweeps will not be recorded on disk)\n", inititer, mcsweeps);
    for(i=0;i<inititer+iterations;i++){
        for(j=0;j<mcsweeps;j++){
            single_timestep(vesicle);
        }
        centermass(vesicle);
        cell_occupation(vesicle);
        if(i>inititer){
            write_vertex_xml_file(vesicle,i-inititer);
        }
    }
    return TS_SUCCESS;
}
 
ts_bool single_timestep(ts_vesicle *vesicle){
    ts_bool retval;
    ts_double rnvec[3];
    ts_uint i, b;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
        rnvec[0]=drand48();
        rnvec[1]=drand48();
        rnvec[2]=drand48();
        retval=single_verticle_timestep(vesicle,vesicle->vlist->vtx[i],rnvec);
    }
 
//    ts_int cnt=0;
    for(i=0;i<vesicle->vlist->n;i++){
//why is rnvec needed in bondflip?
/*        rnvec[0]=drand48();
        rnvec[1]=drand48();
        rnvec[2]=drand48();
*/ 
    b=rand() % vesicle->blist->n;
        //find a bond and return a pointer to a bond...
        //call single_bondflip_timestep...
        retval=single_bondflip_timestep(vesicle,vesicle->blist->bond[b],rnvec);
//    if(retval==TS_SUCCESS) cnt++;        
    } 
//    printf("Bondflip success rate in one sweep: %d/%d=%e\n", cnt,vesicle->blist->n,(double)cnt/(double)vesicle->blist->n);
    if(retval);
    return TS_SUCCESS;
}