Trisurf Monte Carlo simulator
view | history | commit | commitdiff
Samo Penic
2019-10-19 dba66b4f8a25cb7eb18de5f7ffca97e179d7a5d9
commit | author | age
7f6076 1 /* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
SP 2 /* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */    
854cb6 3 #include<stdio.h>
SP 4 #include<general.h>
5 #include<snapshot.h>
22721d 6 #include<stdlib.h>
SP 7 #include<stdarg.h>
8 #include <zlib.h>
f0bcea 9 #include<inttypes.h>
11fef8 10 #include<config.h>
2e8c7f 11 #include <time.h>
aecb11 12 #include <string.h>
698ae1 13 #include "io.h"
dba66b 14 #include <b64zlib_compression.h>
a3dbf0 15 /* a helper function that utilizes ts_string data structure and performs same as sprintf */
22721d 16 ts_uint ts_sprintf(ts_string *str, char *fmt, ...){
SP 17     va_list ap;
18     va_start(ap,fmt);
19     ts_uint n=vsprintf(&(str->string[str->beg]),fmt,ap);
20     va_end(ap);
21     str->beg+=n;
22     return n;
23 }
24
a3dbf0 25 /* outputs additional data into paraview xml file */
854cb6 26 ts_bool xml_trisurf_data(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){
22721d 27
SP 28     ts_string *data=(ts_string *)malloc(sizeof(ts_sprintf));
02d65c 29     data->string=(char *)malloc(5120000*sizeof(char)); /*TODO: warning, can break if the string is to long */
22721d 30     data->beg=0;
SP 31     
854cb6 32     xml_trisurf_header(fh, vesicle);
22721d 33     xml_trisurf_tria(data,vesicle->tlist);
SP 34     xml_trisurf_tria_neigh(data,vesicle->tlist);
35     xml_trisurf_vtx_neigh(data,vesicle->vlist);    
36     xml_trisurf_vtx_tristar(data,vesicle->vlist);
4891eb 37     xml_trisurf_nucleus(data,vesicle);
49981c 38     xml_trisurf_constvolarea(data,V0,A0);
aecb11 39 //#ifdef COMPRESSION
f0bcea 40     char *compressed;
588bbb 41     ts_uint nbytes=ts_compress_string64(data->string, data->beg-1, &compressed); //suppress null character at the end with by substracting 1
f0bcea 42     fwrite(compressed, sizeof(unsigned char), nbytes, fh);
SP 43     free (compressed);
aecb11 44 //#else
SP 45 //    fprintf(fh,"%s", data->string);
46 //#endif
a3dbf0 47     free(data->string);  /* TODO: valgrind is not ok with this! */
22721d 48     free(data);
854cb6 49     xml_trisurf_footer(fh);
SP 50     return TS_SUCCESS;
51 }
52
53 ts_bool xml_trisurf_header(FILE *fh, ts_vesicle *vesicle){
2e8c7f 54 /* format current time */
SP 55     time_t current_time;
56         char *c_time_string;
57     current_time = time(NULL);
58     c_time_string = ctime(&current_time);
a3dbf0 59     int npoly, nfono;    
SP 60
e29756 61     fprintf(fh, "<trisurfversion>Trisurf (commit %s), compiled on %s %s</trisurfversion>\n",TS_VERSION, __DATE__,  __TIME__);
2e8c7f 62     fprintf(fh, "<dumpdate>%s</dumpdate>\n", c_time_string);
SP 63
cc95bd 64     fprintf(fh, "<tape>");
698ae1 65         fprintf(fh,"%s",tapetxt);    
f0bcea 66     fprintf(fh, "</tape>\n");
a3dbf0 67     if(vesicle->poly_list!=NULL){
SP 68         npoly=vesicle->poly_list->n;
69         if(npoly!=0){
70             nfono=vesicle->poly_list->poly[0]->vlist->n;
71         } else {
72             nfono=0;
73         }
74     } else {
75         npoly=0;
76         nfono=0;
77     }
86b69b 78     fprintf(fh, "<trisurf nvtx=\"%u\" npoly=\"%u\" nmono=\"%u\" compressed=\"false\">\n", vesicle->vlist->n, npoly, nfono);
854cb6 79     return TS_SUCCESS;
SP 80 }
81
82 ts_bool xml_trisurf_footer(FILE *fh){
83     fprintf(fh, "</trisurf>\n");
84     return TS_SUCCESS;
85 }
86
22721d 87 ts_bool xml_trisurf_tria(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist){
854cb6 88     ts_uint i;
588bbb 89     ts_sprintf(data,"<tria>");
854cb6 90     for(i=0; i<tlist->n;i++){
e87e4e 91         ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->vertex[0]->idx, tlist->tria[i]->vertex[1]->idx, tlist->tria[i]->vertex[2]->idx);
854cb6 92     }
588bbb 93     ts_sprintf(data,"</tria>");
854cb6 94     return TS_SUCCESS;
SP 95 }
96
22721d 97 ts_bool xml_trisurf_tria_neigh(ts_string *data, ts_triangle_list *tlist){
854cb6 98     ts_uint i;
22721d 99     ts_sprintf(data,"<trianeigh>\n");
854cb6 100     for(i=0; i<tlist->n;i++){
e87e4e 101         ts_sprintf(data,"%u %u %u ",tlist->tria[i]->neigh[0]->idx, tlist->tria[i]->neigh[1]->idx, tlist->tria[i]->neigh[2]->idx);
854cb6 102     }
22721d 103     ts_sprintf(data,"</trianeigh>\n");
854cb6 104     return TS_SUCCESS;
SP 105 }
106
22721d 107 ts_bool xml_trisurf_vtx_neigh(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist){
854cb6 108     ts_uint i,j;
SP 109     for(i=0;i<vlist->n;i++){
22721d 110         ts_sprintf(data,"<vtxn idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
854cb6 111         for(j=0;j<vlist->vtx[i]->neigh_no;j++){
22721d 112             ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->neigh[j]->idx);
854cb6 113         }
588bbb 114         ts_sprintf(data, "</vtxn>");
854cb6 115     }
SP 116     return TS_SUCCESS;
117 }
118
22721d 119 ts_bool xml_trisurf_vtx_tristar(ts_string *data, ts_vertex_list *vlist){
854cb6 120     ts_uint i,j;
SP 121     for(i=0;i<vlist->n;i++){
22721d 122         ts_sprintf(data,"<tristar idx=\"%u\">",vlist->vtx[i]->idx);
854cb6 123         for(j=0;j<vlist->vtx[i]->tristar_no;j++){
22721d 124             ts_sprintf(data,"%u ",vlist->vtx[i]->tristar[j]->idx);
854cb6 125         }
588bbb 126         ts_sprintf(data, "</tristar>");
854cb6 127     }
SP 128     return TS_SUCCESS;
129 }
130
4891eb 131 ts_bool xml_trisurf_nucleus(ts_string *data, ts_vesicle* vesicle){
SP 132     if(vesicle->R_nucleus>0.0 || (vesicle->R_nucleusX>0.0 && vesicle->R_nucleusY>0.0 && vesicle->R_nucleusZ>0.0)){
49981c 133         ts_sprintf(data,"<nucleus>%.17e %.17e %.17e</nucleus>",vesicle->nucleus_center[0], vesicle->nucleus_center[1], vesicle->nucleus_center[2]);
4891eb 134     }
SP 135     return TS_SUCCESS;
136 }
49981c 137 ts_bool xml_trisurf_constvolarea(ts_string *data, ts_double volume, ts_double area){
SP 138     ts_sprintf(data,"<constant_volume>%.17e</constant_volume>",volume);
139     ts_sprintf(data,"<constant_area>%.17e</constant_area>",area);
140
141     return TS_SUCCESS;
142 }
f0bcea 143