Trisurf Monte Carlo simulator
Samo Penic
2020-04-09 4f5ffcfd5ba38b6b7dd6d3b15de8bb8677537b9f
commit | author | age
a6b1b5 1 ####### Vesicle definitions ###########
SP 2 # nshell is a number of divisions of dipyramid
e98482 3 nshell=17
e86357 4 # dmax is the max. bond length (in units l_min)
304510 5 dmax=1.7
ea1cce 6 # dmin_interspecies in the min. dist. between different vertex species (in units l_min)
fe24d2 7 dmin_interspecies=1.2
e86357 8 # bending rigidity of the membrane (in units kT)
2dcc65 9 xk0=10.0
e86357 10 # max step size (in units l_min)
a6b1b5 11 stepsize=0.15
e86357 12
M 13 # Pressure calculations
14 # (pswitch=1: calc. p*dV energy contribution)
45c708 15 pswitch = 0
2dcc65 16 # pressure difference: p_inside - p_outside (in units kT/l_min^3):
e98482 17 pressure=10.0
a6b1b5 18
267433 19 #Constant volume constraint (0 disable constant volume, 1 enable wiht additional vertex move, 2 enable with epsvol)
37791b 20 constvolswitch=0
dd5aca 21 constvolprecision=1e-14
9166cb 22
c0ae90 23 #Constant area constraint (0 disable constant area, 2 enable constant area with epsarea)
8db203 24 constareaswitch=0
9166cb 25
2ae815 26
SP 27 #Stretching
28 stretchswitch=1
7ec6fb 29 xkA0=1.0
2ae815 30
624f81 31 ####### Polymer (brush) definitions ###########
a2db52 32 # npoly is a number of polymers attached to npoly distinct vertices on vesicle
a69203 33 npoly=0
48bb92 34 # nmono is a number of monomers in each polymer
42190f 35 nmono=20
48bb92 36 # Spring constant between monomers of the polymer
M 37 k_spring=800
e98482 38 #set to 1 if half of the polymeres are inside the vesicle
42190f 39 internal_poly=0
a6b1b5 40
624f81 41 ####### Filament (inside the vesicle) definitions ###########
58230a 42 # nfil is a number of filaments inside the vesicle
8db203 43 nfil=0
58230a 44 # nfono is a number of monomers in each filament
8db203 45 nfono=3
b30f45 46 # Persistence lenght of the filaments (in units l_min)
5c64e2 47 xi=100
58230a 48
M 49 ####### Nucleus (inside the vesicle) ###########
50 # Radius of an impenetrable hard sphere inside the vesicle
f06f5f 51 R_nucleus=0
bfa6c4 52 R_nucleusX=0
SP 53 R_nucleusY=0
54 R_nucleusZ=0
a6b1b5 55 #######  Cell definitions ############
42190f 56 nxmax=100
SP 57 nymax=100
58 nzmax=100
a6b1b5 59
SP 60
61 ####### Program Control ############
d7a113 62 #how many MC sweeps between subsequent records of states to disk
a5e543 63 #200000
7ec6fb 64 mcsweeps=200
d7a113 65 #how many initial mcsweeps*inititer MC sweeps before recording to disk?
a5e543 66 #2
514ebc 67 inititer=0
d7a113 68 #how many records do you want on the disk iteration are there in a run?
a5e543 69 #10000
M 70 iterations=100
d7a113 71
a6b1b5 72
dc77e8 73 ###### Spherical harmonics ###########
5a3862 74 # If 0 then spherical harmonics are not calculated at all.
c60a49 75 spherical_harmonics_coefficients=21
dc77e8 76
a6b1b5 77 #shut up if we are using cluster!!!
SP 78 quiet=false
5c64e2 79  
SP 80
f74313 81
SP 82 #what type of multiprocessing? (*none, smp, cluster, distributed, cuda, auto)
83 #currently only none makes sense.
84 multiprocessing=none
85 #how many cores are allowed to process in SMP?
86 smp_cores=2
87 #how many nodes in cluster?
88 cluster_nodes=50
89 #max number of processes in distributed (voluntary) environment
90 distributed_processes=50
91 #cuda options???
e5858f 92
SP 93
94 #number of vertices with spontaneous curvature (integer)
250de4 95 number_of_vertices_with_c0=100
e6efc6 96 #c0/2 is spontaneous curvature. c0 is used as (c1+c1-c0)^2 in energy term (float)
032273 97 c0=0.5
SP 98 #energy of attraction of vertices with spontaneous curvature (float, positive value for attraction)
250de4 99 w=10.0
SP 100 #direct force on vesicles with spontaneous curvature (float)
101 F=2.0
514ebc 102
SP 103
104
105 #plane confinement
106 plane_confinement_switch=1
107 #final plane distance (float in lmin)
0dd5ba 108 plane_d=10
514ebc 109 #plane to vesicle repulsion force while closing
0dd5ba 110 plane_F=10